Tag: citaties

Artikelbeheersystemen: Mendeley en Papers

Als je een verslag of een artikel schrijft, raak je dan ook altijd in de war met je referenties? Raak jij ook wel eens artikelen kwijt op je computer? Werk jij ook wel eens op verschillende computers aan een bepaald project? Is het antwoord op één of meer van deze vragen “ja”, kijk dan eens naar een artikelbeheersysteem.

De meest bekende programma’s om je referenties mee te beheren zijn Endnote en RefWorks. Dat werkt aardig, maar veel meer dan referenties beheren kun je er niet mee: de PDF-bestanden van de bijbehorende artikelen raak je nog steeds kwijt. Verder werken ze vooral goed samen met Word, maar niet met LaTeX/BibTeX. (Exporteren kan wel, maar importeren niet gemakkelijk.) En je moet maar het geluk hebben dat je school/universiteit/werkgever een licentie heeft, want ze zijn veel te duur om zelf aan te schaffen (Endnote: $109,95, Refworks: $100 per jaar).

Er bestaan gelukkig meer programma’s. Recentelijk werden wij getipt over twee hele mooie programma’s. De eerste is Mendeley (gratis, open source, en voor Window en Mac en Linux), de tweede Papers (€ 20 voor studenten, van Nederlandse bodem en alleen voor de Mac).

Beide programma’s hebben grote overeenkomsten met elkaar. Ze beheren allebei je collectie PDF-bestanden voor je, net zoals iTunes dat doet met je muziek: bestanden krijgen automatisch een zinnige naam, worden in de juiste map gestopt, etc. Ook laten ze je eenvoudig de juiste metadata (auteurs, tijdschrift, datum, etc) opzoeken op internet. Ook kennen beide een optionele iPad/iPhone applicatie (gratis bij Mendeley, € 12 bij Papers) die kan synchroniseren met je computer, zodat je ook onderweg artikelen kunt lezen. Beide programma’s kunnen ook overweg met BibTeX en laten je eenvoudig de citekeys kopiëren. Bekijk hieronder een filmpje over Papers. Mendeley werkt ongeveer gelijk, maar daarvan kon ik geen mooi filmpje vinden.

De programma’s zijn niet gelijk en hebben elk zo hun rare eigenschappen. Mendeley kan, voor elke collectie die je aanmaakt, een .bib-bestand exporteren en deze automatisch bijwerken maken wanneer je wijzigingen aanbrengt in de collectie. Het rare is wel dat de .bib-bestanden voor al die collecties in één map moeten staan en dat is tamelijk onhandig. Papers kan ook exporteren naar BibTeX, maar dit moet je wel handmatig doen. Daar staat tegenover dat je dan wel vrij bent om het .bib-bestand in willekeurige map te zetten.

Mendeley is beschikbaar als bètaversie voor Windows, Mac en Linux, terwijl Papers er alleen voor de Mac is en wél af is. Bij Mendeley is duidelijk te merken dat het geen ‘echte’ Mac-applicatie is. Zo gaat het lezen van PDF’jes vrij traag (je zit soms een tijdje naar een witte pagina te kijken voordat er iets gebeurt) en zien hun lettertypen er ietwat raar/onscherp uit. Papers is een stuk vlotter. Wanneer één auteur met verschillende namen (B Voorbeeld, B. Voorbeeld en Bij Voorbeeld) voorkomt in je collectie, is het bij Papers eenvoudig om deze samen te voegen, terwijl deze optie helemaal niet in Mendeley zit. Ook kun je vanuit Papers artikelen zoeken met Google Scholar, Scopus en Pubmed en direct de PDF’jes, met metadata en al, importeren. Daar staat tegenover dat Mendeley al je data synchroniseert met het internet, en je dus zonder problemen op meerdere computers kunt werken. Je krijg 500 MB online opslagruimte, wat tegen betaling uit te breiden is. Bij Papers staat dit alleen op de planning, maar vooralsnog kun je wel de Papers-database in Dropbox zetten voor een soort van synchronisatie. Ook kan Papers overweg met EZproxies, zodat je thuis artikelen kunt downloaden. Een groot pluspunt voor Mendeley is dan weer dat ‘ie erg goed is in het automatisch herkennen van metadata uit de tekst van de PDF, terwijl Papers dit niet kan.

Samenvattend, het beheren en doorzoeken van je artikelen is met Mendeley en Papers een stuk eenvoudiger geworden en het zijn beiden fantastische programma’s. Ik vind Papers net iets prettiger in gebruik, maar Mendeley heeft vele andere voordelen en is voor zijn prijs niet te verslaan. Wil je de programma’s proberen? Van Papers is een 30 dagen-probeerversie beschikbaar, en Mendeley is natuurlijk helemaal gratis.

Heb jij ervaring met een van deze programma’s, of tips voor andere soortgelijke programma’s? Laat het vooral weten!

Bedankt voor de tips, Jan-Hein en Laura

Het ranken van een wetenschapper

Al eerder heb ik verteld hoe wetenschap werkt: iemand verzint een experiment, voert dat uit en schrijft de resultaten op in een artikel. Het wordt gekeurd en gewogen, en als niet te licht bevonden bevonden wordt, wordt het artikel gepubliceerd in een tijdschrift. Dat artikel wordt door anderen gelezen en er wordt naar gerefereerd als het interessant is, zodat anderen de feiten kunnen controleren. Dit is de meest gangbare manier waarop kennis stroomt.

Nu is er zoiets als goeie en slechte wetenschap. De experimenten kunnen ongeschikt zijn om een hypothese te ontkrachten, resultaten kunnen onbruikbaar zijn of de conclusies die getrokken worden fout. Het is niet eenvoudig om slechte wetenschap van matige te onderscheiden; en matige van goede wetenschap.

Prof. Jorge E. Hirsch

Maar wanneer is iemand een goede wetenschapper? Ik vind dat als iemand, in z’n eentje, één enorme ontdekking in zijn leven doet (hèt geneesmiddel tegen het AIDS-virus), dat hij een fantastische wetenschapper is. Hij heeft de mensheid geholpen door zijn intelligentie te gebruiken om het leven van anderen te vergemakkelijken en hij was zo goed om zijn kennis te delen. Hij schreef een artikel over zijn onderzoek, publiceerde dat in een tijdschrift en andere wetenschappers verwijzen nog vaak naar zijn enige, doch fantastische werk.

Een tweede wetenschapper doet al decennia onderzoek naar het de verbetering van dataopslag. Hij werkt samen met veel andere onderzoekers en geleidelijk aan doen ze veel ontdekkingen. Elke ontdekking wordt netjes opgeschreven en gepubliceerd. Het onderzoeksgebied waar onze dataopslag-onderzoeker in werkt is eigenlijk maar klein: er werken niet veel mensen in dit gebied, laat staan dat er veel over geschreven wordt. Vorderingen zijn klein maar belangrijk.

Hoe goed zijn onze twee wetenschappers? De een heeft weinig (eenmaal) gepubliceerd, maar wordt veel geciteerd; de ander publiceert veel, maar wordt weinig geciteerd. Er zijn veel maten om wetenschappers mee te meten, maar productiviteit (het aantal publicaties van een wetenschapper) en impact (aantal citaties naar die wetenschapper) worden tegenwoordig het belangrijkst gevonden. Hoe goed hij is als docent, hoe netjes hij is in een lab of hoe goed hij om kan gaan met andere wetenschappers wordt buiten beschouwing gelaten.

De Amerikaanse wetenschapper Jorge E. Hirsch bedacht in 2005 een index om wetenschappers te ranken. Hij is wat ingewikkeld, dus houd je vast:

Een wetenschapper heeft een index als h van zijn/haar Na artikelen ten minste h maal geciteerd worden, en de andere (Na – h) artikelen minder dan h maal geciteerd worden.

In andere woorden, een wetenschapper met een Hirsch index van h, heeft blijkbaar h artikelen gepubliceerd die ten minste h keer zijn geciteerd. Hij kan dus best meer dan h artikelen gepubliceerd hebben, maar die zijn niet vaak genoeg geciteerd om mee te tellen.

Onze dataopslag-wetenschapper heeft een aantal keer gepubliceerd. Toen hij nog jong en onbezonnen was, heeft hij aan drie artikelen meegewerkt: de eerste is éénmaal geciteerd, de tweede twee keer en de derde vijf keer. Hij had toen een Hirsch index van twee. Tegenwoordig heeft hij een lange lijst met publicaties op zijn naam en een respectabele Hirsch index van dertig. Onze AIDS-wetenschapper heeft maar eenmaal gepubliceerd en dus een Hirsch index van één.

De moraal is duidelijk. Er is een duidelijke manier om wetenschappers te ranken. Je ziet ook direct waar dat fout gaat. Er zijn ook uitbreidingen op de manier van Jorge Hirsch, maar ook hele andere methodes. Allemaal rammelen ze een beetje en allemaal vergeten ze belangrijke zaken. Maar goed, getallen aan fenomenen plakken is altijd lastig en je kan er altijd over discussiëren. Wetenschap.