Linux-alternatief voor ChemDraw

Vanaf vandaag ga ik aan een nieuw project beginnen, dus vanochtend kort een gevorderden-tip en een comic.

Tip: een goed verhaal door nickuhling van de Chemistry Blog over Linux-alternatieven voor ChemDraw. Eerder schreef Mark al eens over ChemDoodle en ik over Chem4Word.

Comic:

ChemDoodle: een ChemDraw alternatief

Veel scheikundigen zijn waarschijnlijk wel bekend met ChemDraw: een programma waarmee gemakkelijk structuurformules van organische moleculen kunnen worden getekend en reacties met die structuurformules kunnen worden weergeven. Daarnaast kan het NMR- en massaspectra voorspellen. Een andere handige mogelijkheid is dat het systematische namen en enkele veelgebruikte triviale namen kan herkennen en daar automatisch de structuurformule bij kan tekenen. Handig, want dat scheelt veel tekenwerk. Het omzetten van structuurformules tot systematische namen behoort ook tot de mogelijkheden.

Hoe handig ChemDraw ook is, het heeft één belangrijk nadeel: de prijs. Universiteiten hebben vaak een licentie waar alle medewerkers en studenten gratis gebruik van kunnen maken. Val je niet onder één van die twee groepen, dan is het aanschaffen van ChemDraw een duur grapje: ChemDraw Ultra kost voor gebruik in het onderwijs $790,-  en voor commercieel gebruik $2070,-. Voor het goedkopere ChemDraw Pro is dat $310,- respectievelijk $1270,- en de nog goedkopere ChemDraw Std (‘standaard’) kost $150,- / $790,-. De Ultra-versie is het meest interessant, want de goedkopere versies zijn stiekem vrij beperkt: Pro en Std kunnen geen spectra voorspellen en Std kan geen structuren bij namen tekenen en omgekeerd (hier kun je de verschillende versies vergelijken).

Laatst hoorde ik over een interessant alternatief: ChemDoodle. ChemDoodle is een heel stuk betaalbaarder: $59,95 voor een losse licentie (ongeacht of je in het onderwijs zit of niet). Een licentie voor een heel bedrijf of instituut is $999,- per jaar — ik heb me laten vertellen dat een dergelijke ChemDraw Ultra licentie veel meer kost.  Daarnaast is het gebaseerd op Java en werkt het daardoor zowel op Windows, Mac als Linux; ChemDraw is alleen voor Windows en Mac beschikbaar.

ChemDoodle kan veel van wat ChemDraw kan, maar niet alles. Het kan bijvoorbeeld wel NMR-spectra voorspellen, maar massaspectra niet. Je kunt ook structuren laten tekenen op basis van systematische en triviale namen, maar daarvoor moet je wel een internetverbinding hebben: hij zoekt de structuren op in een online database zoals PubChem. Het omgekeerde lijkt helaas niet mogelijk te zijn.

Het tekenen van moleculen werkt prima. ChemDoodle detecteert het automatisch wanneer je een reactie aan het tekenen bent en kan dan zelf alle structuurformules, plusjes en pijlen uitlijnen. Handig en scheelt veel werk. ChemDraw kan dit overigens ook, maar ChemDoodle doet dit naar mijn mening netter.

Ik vind zelf ChemDraw iets prettiger in gebruik, maar dat is waarschijnlijk vooral een kwestie van gewenning. Voor de prijs is ChemDoodle in elk geval een prima alternatief. Niet onbelangrijk: er zit ook een duidelijke handleiding bij. Nieuwsgierig geworden? Download dan hier gratis een probeerversie.

Chemische fomules in Word

Als je iets schrijft over scheikunde, wil je nog wel eens een structuurformule in je tekst zetten. Er zijn een aantal programma’s die hele mooie structuurformules (zowel 1D als 2D, soms 3D) kunnen maken. Verreweg het meest fantastische en uitgebreide chemische programma dat ik ken, is Chemdraw. Maar voor iedereen die de $2.000 wat veel geld vindt voor een kopie van ChemDraw, heeft Microsoft een alternatief.

Chemistry Add-In for Microsoft Office Word — of wat korter, Chem4Word — is gratis en open-source. Dat betekent dat iedereen het mag gebruiken en programmeurs/ontwikkelaars zijn vrij de code aan te passen. Misschien wat minder interessant voor de gemiddelde gebruiker: Chem4Word gebruikt Chemical Markup Language (CML), dat gebaseerd is op XML. De clou is dat de onderliggende code platte tekst is, maar dat die wel plaatjes kan genereren.

Pablo Fernicola legt in het volgende (Engelse) filmpje uit hoe het werkt. Merk op dat Chem4Word alleen werkt voor Office 2007 en 2010. Als je een oudere versie draait: bespaar je de moeite.

Voor hen die een gratis programma zoeken dat chemische formules en structuren maakt, is er nog ChemSketch Freeware. Dit programma is voor niet-commerciële doeleinden en de gratis versie komt zonder technische ondersteuning. Als je dus vragen hebt, of het is kapot, word je door de makers niet geholpen.

En dan sluit ik graag af met mijn lijfspreuk over tekstverwerken:

Als het opmaken van een tekst in MS Word niet lukt, ligt dat meestal aan Word; als het opmaken van een tekst met LaTeX niet werkt, ligt dat altijd aan jezelf.

Chem4Word via Chemical & Engineering News