Sherlock Holmes was geen natuurkundige

Voor vandaag had ik een goed verhaal over een indrukwekkend biochemisch experiment gepland. Helaas heb ik een paar graden koorts, dus het wat meer omvangrijke verhaal verschijnt maandag op de SJs. Ter vervanging, een comic van Saterday Morning Breakfast Cereal.

Sherlock Holmes is geschreven door sir Arthur Conan Doyle en gaat over de verhandelingen door de detective en zijn metgezel dr. Watson. Veel verfilmingen, maar ik kan jullie die met Jeremy Brett (1984) aanbevelen. Holmes en Watson redeneren meestal als typische medici, maar wat nou als ze natuurkunde hadden gestudeerd?

Grappige graphical abstracts

De hoeveelheid artikelen die gepubliceerd worden in wetenschappelijke tijdschriften zoals Nature, Science, of Physical Review Letters (dus niet de Quest) is enorm. Gebruiken we Google Scholar als maatstaaf, dan zien we dat er in 2009 zo’n 253.000 artikelen en boeken zijn gepubliceerd waar het woord “chemistry” in voorkomt.

Zijn we iets specifieker en zoeken we op “physical chemistry”, dan zijn het er nog steeds 61.700. Zelfs al zoek je op iets specifieks als “quantum dot”, dan vind je nog 8970 publicaties. Een artikel helemaal doorlezen, uitpluizen en goed begrijpen kost al snel een paar uur tot een dag, dus het mag duidelijk zijn dat we dit niet allemaal kunnen gaan lezen. Het is zelfs nog veel te veel nog maar de samenvatting van te lezen. Daar zou je een dagtaak aan hebben.

Hoe kun je dan beoordelen of een artikel het lezen waard is? De titel lezen is natuurlijk vaak een goed begin (al zijn ze soms behoorlijk cryptisch), en plaatjes kijken kan ook veel informatie opleveren. Maar voor dat laatste moet je het artikel natuurlijk al wel voor je hebben: al bladerend door de (al dan niet digitale) inhoudsopgave van een tijdschrift helpen de plaatjes ín het artikel niet om te beslissen of iets nuttig is.

Om dit probleem op te lossen, is een aantal tijdschriften op het idee gekomen om zogeheten graphical abstracts in te voeren: een samenvatting in de vorm van een plaatje. Dit plaatje kan bijvoorbeeld bij de titel in de inhoudsopgave worden getoond om snel te kunnen beoordelen of je een artikel wilt lezen. Eén van die tijdschriften is het Journal of Physical Chemistry B. Super goed idee.

Plaatjes zijn nuttig. Een goed plaatje, in elk geval. Niet bij elk artikel zit namelijk een even goed plaatje. Sommige plaatjes zijn van een belachelijk lage resolutie, passen overduidelijk niet bij het onderwerp of vertellen niets inhoudelijks. De blog TOC ROFL gaat precies daarover: lachwekkende plaatjes in de inhoudsopgaven van wetenschappelijke tijdschriften. Erg grappig. Voor in je RSS!

Hieronder twee van mijn favorieten.

Gnomen voeren een chemische reactie uit: "Theoretical and NMR Studies of Deuterium Isotopic Perturbation of Hydrogen Bonding in Symmetrical Dihydroxy Compounds."
Katten zijn soms ook blijkbaar biomoleculen: "Why size and speed matter: frequency dependence and the mechanical properties of biomolecules."

Fout in het systeem

In een collegezaal van de Universiteit van Turijn heeft men als eerbetoon aan de beroemde Italiaanse schrijver en chemicus Primo Levi — bekend van het boek The Periodic Table — een groot periodiek systeem opgehangen. Het periodiek systeem hangt er al dertien jaar, maar er zit wél een fout in! The Professor van Periodic Videos legt het uit.

Een foto van het betreffende periodieke systeem vind je hieronder (klik voor groter).

Primo Levi Lecture Theatre

Kun jij de fout vinden? Gebruik in de reacties s.v.p. de [spoiler]-tags. Het goede antwoord kun je hier vinden.

Altijd een periodiek systeem bij de hand

Als rasechte scheikundige kun je niet met een gerust hart de deur uitstappen zonder een periodiek systeem bij je te hebben. Zo heb ik al vrij vlot, nadat ik scheikunde ging studeren, een periodiek systeem voorin mijn map met collegeaantekeningen gestopt. Maar die map heb ik lang niet altijd (meer) bij me. Mijn iPod touch heb ik juist wél altijd bij me, dus een periodiek systeem in de vorm van een iPhone/iPod touch-app leek mij wel handig. (Voor een iPhone ben ik natuurlijk te arm.)

Lange tijd kon ik geen app vinden die aan mijn wensen voldeed, zoals het kunnen weergeven van elektronenconfiguraties en werkzaam zijn zonder internetverbinding. En dat allemaal zo gratis mogelijk. The Elements van Theodore Grey is weliswaar erg mooi, maar alleen beschikbaar voor de iPad en iPhone 4 en niet erg goedkoop.

Recentelijk kwam ik een app tegen van het chemiebedrijf Merck (de Duitse Merck wel te verstaan, niet de Amerikaanse van de bekende Merck Index), die doet wat ik wil en is bovenal helemaal gratis. Het gaat hier om PSE HD, wat natuurlijk staat voor Periodic System of the Elements.

Wanneer je PSE HD opstart, verschijnt er een groot periodiek systeem. Druk je op een element, dan verschijnt er een popupje met meer informatie. Vanuit hier kun je ook doorklikken naar lijstjes met bijvoorbeeld smelt- en kookpunt, dichtheid, oxidatietoestanden, elektronenconfiguratie en atoomstraal. Van veel elementen kun je bovendien een plaatje te zien krijgen en staat er informatie over de ontdekker bij. Merck is een commercieel bedrijf, dus geven ze ook een linkje naar “Products for analytical testing.” Tja, het geld moet ergens vandaan komen natuurlijk.

Als je op het Merck-logo linksboven drukt, verschijnt er een lijst met extra opties. Sommige opties zijn een beetje cryptisch omschreven. Met “Search” kun je alleen op naam zoeken, terwijl het knopje “Classification” je juist laat zoeken op eigenschappen zoals toestand bij kamertemperatuur of classificatie (alkalimetaal, overgangsmetaal, etc). En gek genoeg laat het knopje “State at room temperature” je juist overzichtelijk zien wat de aggregatietoestand van alle elementen is bij een willekeurig te kiezen temperatuur.

Met het knopje "State at room temperature" kun je de aggregatietoestanden van alle elementen bij een willekeurige temperatuur te zien krijgen.

Een andere handige feature vind je bij “Property ranking.” Dit geeft je een overzichtelijke tabel met allerlei eigenschappen van de elementen. Je kunt uiteraard sorteren op een willekeurige kolom, dus als je bent vergeten welk element de hoogste dichtheid heeft, dan is dat met deze tabel zo te vinden.

Samengevat, PSE HD is een mooie en handige app. Hoewel hij een paar eigenaardigheden heeft, mogen we voor de prijs (gratis) zeker niet klagen. PSE HD is verkrijgbaar in de App Store en werkt op de iPhone, iPod touch én iPad. En voor iedereen zonder iShizzle is er ook een online versie.

Update: PSE HD is deze week in de App Store uitgeroepen tot iPhone app van de week!