Een stukje jargon in de wetenschap. Wetenschappers schrijven hun goeie ideeën op in artikelen die gepubliceerd worden in speciale tijdschriften. Het komt wel eens voor dat twee wetenschappers uit verschillende laboratoria, tegelijkertijd aan hetzelfde onderwerp werken, zonder dat van elkaar te weten — bijvoorbeeld het mechanisme voor een synthese van silica-gecoate ijzeroxide nanodeeltjes-clusters. Als nu de ene wetenschapper zijn ideeën eerder publiceert, dan is de andere “ge-scooped.”
Ge-scooped worden is supernaar, want het heeft geen zin om twee artikelen te hebben waarin hetzelfde gezegd wordt. De tweede, ge-scoopte, wetenschapper heeft dan bijna niks meer aan z’n bevindingen en zal extra werk moeten verrichten voordat hij het alsnog kan publiceren. Huilen.
Er zijn een aantal computerprogramma’s waar ik extreem blij van word. Soms zijn dit programma’s waar geen equivalent van bestaat, soms gênant veel uitgebreider dan die van de concurrent. Je voelt aan alles dat er tijd en energie in is gestoken, dat het veel gebruikt wordt en dat er veel mensen verliefd op zijn. Een van die programma’s is Mathematica. Alleen de naam al is mooi en eenvoudig.
In 1988 kwam de eerste versie uit van Mathematica en twee weken geleden versie 8. Dit is direct al het eerste dat diep respect af dwingt: 28 jaar in de computerwereld overleven, is enorm. Mathematica is bedacht en gemaakt door Stephen Wolfram. Hij schreef zijn eerste wetenschappelijke artikel toen hij 15 was, heeft theoretische fysica gestudeerd en is nu een gerespecteerde wetenschapper. Zijn programma wordt in enorm veel velden gebruikt, zo ook in de scheikunde. Als ik iets simpels moet programmeren, pak ik meestal Mathematica erbij. Het leuke is dat er meer dan 3000 functies beschikbaar zijn, zodat je niet precies uit hoeft te schrijven wat je eigenlijk wil. 1+1 geeft 2 en Integrate[2,x] geeft 2x. Normaal is het programmeren van een integraal uitrekenen niet zo simpel, dus scheelt dit veel tijd. Twee nadelen van Mathematica zijn de prijs (€150 voor studenten; €295 voor privégebruik) en het formele taalgebruik (wat je schrijft is wat je krijgt).
Een jaar geleden schreef ik al over Wolfram|Alpha. Dit is een project dat uit Mathematica komt en waarbij feiten beschikbaar worden gemaakt voor iedereen. In tegenstelling tot Wikipedia is alle data betrouwbaar en kun je als student of wetenschapper hiernaar refereren als bron. Omdat Wolfram|Alpha gebouwd is op Mathematica, zou de gebruiker formeel taalgebruik moeten invoeren om exacte antwoorden te krijgen, maar omdat er zoveel mensen natuurlijke talen gebruiken (“how long is the emipire state building”) krijgen linguïsten een enorme set aan data. Er kan onderzocht worden hoe mensen het liefst vragen stellen aan een computer waardoor Wolfram|Alpha weer verbeterd kan worden.
Dit jaar gaf Stephen Wolfram een praatje op TED. Daar vertelt hij in 20 minuten over zijn zoektocht om kennis berekenbaar te maken. Hij vertelt over hoe hij begon met Mathematica en “A New Kind of Science”, en uitkwam op Wolfram|Alpha. Hij spreekt ook over wat berekenbare kennis nou betekent voor de wetenschap en hoe hij eerst dacht dat hij een heel stel hersenen zou moeten simuleren om dit te bereiken. Tot slot vraagt hij zich hardop af hoe de wetenschap de absolute natuurwetten kan achterhalen en of dat überhaubt wel lukt met een computersysteem als deze. Het praatje is in 20 talen ondertiteld, maar pas op, het is van een hoog intellectueel niveau.
De mooie beloftes die de ‘nanotechnoloog’ ons maakt, verblindt de journalist. Mooie woorden, ongekende fantasieën en gigantische getallen, ze worden allemaal klakkeloos overgenomen. Zelfs het acht uur journaal van de NOS weet science niet meer van fiction te onderscheiden. En ik maar denken dat dit zo’n betrouwbaar programma was. Ze kramen maar wat uit.
Ja lieve redactie van de NOS: jullie verstaan jullie vak niet! Jullie wetenschapsredactie moet terug naar de middelbare school!
Laten we eerst de uitzending van maandagavond bekijken (25 oktober 2010, 20.00h) en dan lopen we even rustig alle domme dingen langs. Het item loopt van 11min27s tot 14min22s.
Glas dat je kunt vouwen, wijn die je van smaak kunt laten veranderen. Dat klinkt als science fiction, maar binnenkort is het realiteit. Het zijn voorbeelden van zogeheten nanotechnologie.
Laten we inderdaad science (wetenschap) niet verwarren met fictie. Dit zijn geen typische voorbeelden van nanotechnologie. Wijn van smaak laten veranderen lijkt me overigens niet uitzonderlijk moeilijk. Iets met azijn?
Ontwikkelingen waarin alleen al dit jaar wereldwijd 1500 miljard euro (€ 1.500.000.000.000) in om gaat.
Dit is natuurlijk onzin, omdat dit neer zou komen op €221 per hoofd van de wereldbevolking. Een serieuzere bron (Industry Week) vertelt het volgende: “By 2009 the nanotechnology market reached an estimated $11.7 billion in sales.” Dat was in 2009 ongeveer tussen de €8–9 miljard euro. Dit is een mis-schatting met een factor 170. Per hoofd van de wereldbevolking is dat in plaats van €221, maar €1. We hebben het hier dus niet over 6 keer de begroting van de Nederlandse regering, maar over een paar honderdste daarvan. Waar heeft de NOS dit enorm grote getal vandaan?
Met nanotechnologie maak je producten op een heel andere manier dan normaal, namelijk met atomen en moleculen. Twee van de kleinste deeltjes die er bestaan. Door die deeltjes aan te passen, zijn we in staat om de eigenschappen van vrijwel alle producten te veranderen.
De redactie die dit item in elkaar gedraaid heeft, is nog voor Daltons atoomtheorie naar school geweest, dus wij zullen zo vrij zijn om nog eens goed uit te leggen waar de wereld uit bestaat.
Alle materie bestaat uit atomen. We kennen nu iets meer dan 100 soorten en die soorten noemen we “elementen.” Deze elementen staan gerangschikt in het periodiek systeem der elementen. Uit atomen kunnen we grofweg drie soorten materialen maken: metalen, zouten en moleculen. Voorbeelden van metalen zijn ijzer, zink en wolfraam; voorbeelden van zouten zijn keukenzout (natriumchloride), roest (ijzeroxide) en kalk (o.a. calciumoxide en calciumcarbonaat); voorbeelden van moleculen zijn aceton (nagellakremover), water (zitten een beetje zouten in) en zuurstof (en veel andere dingen in de lucht, zoals stikstof en koolstofdioxide). Maar kom, laten we niet al te lang stil staan bij deze basale kennis.
Men maakt altijd materialen van atomen en soms met moleculen. Verschrikkelijk onhandige woordkeuze.
Voor de compleetheid zal ik nog mijn favoriete definitie geven van “nanotechnologie”: de studie naar alle materialen waarbij de eigenschappen typisch afhangen van de grootte van het materiaal, en niet zozeer de chemische samenstelling zelf. Dit komt neer op groottes rond de 1–100 nm. Houd in gedachten dat een watermolecuul ongeveer een tiende nanometer groot is. Losjes wordt wel eens opgemerkt dat veel kleine eiwitten en veel grote moleculen deze grootte hebben. Maar let op, de meest interessante nanomaterialen vallen meer onder de categorieën zouten en metalen, niet moleculen.
Atomen aanpassen is overigens iets voor hogere-energiefysici; moleculen aanpassen is klassieke organische chemie.
Nanotechnologie is buitengewoon ingewikkeld, maar wat het ons gaat brengen is onvoorstelbaar.
Afgezien van dat ‘maar’ hier geen tegenstelling aanduidt, is nanotechnologie absoluut niet buitengewoon ingewikkeld in vergelijking met andere actieve velden in de wetenschap. Experimenten naar stromingen, het weer voorspellen en kwantumtheorie zijn wél extreem complex. Voor sommigen is een informatief en genuanceerd nieuwsbericht maken ook ingewikkeld, maar nanotechnologie staat in de wetenschap niet te boek als “buitengewoon ingewikkeld.”
In het filmpje wordt nu uitgelegd dat er naar aanleiding van een kunstinitiatief, een tentoonstelling wordt gehouden over “speculatieve producten.” Hier heb ik niks op aan te merken. Speculatie inderdaad.
Het gebruik van nanotechnologie in producten groeit enorm snel.
Nu wordt er verteld hoeveel geld er uitgegeven wordt aan dergelijke producten. Wel wordt nu netjes onder het vloerkleed geveegd dat er belachelijk veel meer producten zijn die claimen nanotechnologie te gebruiken, dan dat er producten zijn die dat daadwerkelijk doen. Industry Week is het nog steeds niet eens met de NOS: in 2015 wordt geen €2500 miljard uitgegeven aan producten, maar €26 miljard. Honderd keer zo weinig.
Is het [nanotechnologie, red.] leuk, of gevaarlijk?
Welke prutjournalist heeft deze open deur gedirigeerd? Dit zijn toch geen vragen, dit is retoriek. Vraag anders direct even of er ook wel eens ongelukken mee gebeuren, er mogelijkheden zijn in de strijd tegen kanker en of er misschien wel geld mee te verdienen is. Heeft hij echt een speciale studie gevolgd om op dit soort inkoppertjes te komen? En hij is ook nog door de sollicitatieronde gekomen, voordat hij het veld in mocht van de NOS?
Hulde trouwens aan Koert van Mensvoort. Het zilvervoorbeeld legt perfect uit waar de kansen en problemen liggen. Geen foutieve simplificaties nodig, geen ingewikkelde voorkennis, gewoon een beeldend en juist voorbeeld. Het antwoord “We spelen we een beetje met vuur” is wel wat ongelukkig gekozen. Misschien is het handiger om het te vergelijken met autorijden: gevaarlijk, maar noodzakelijk.
Lieve mensen van de NOS, het acht uur journaal was voor mij dé autoriteit op het gebied van nieuws. Als jullie iets zeiden, was het waar. Maar nu ik weet wat voor onzin jullie uitkramen over nanotechnologie, weet ik niet meer of ik jullie wel kan vertrouwen op andere gebieden. Lieve redactie, ik vertrouw op jullie. Want als ik jullie niet meer kan vertrouwen, wie dan nog wel?
Mijn eis voor een goed artikelbeheersysteem (bibliografie-gegevensbestand) is dat het goed met LaTeX overweg moet kunnen. Of simpeler gezegd: er moet een BibTeX-bestand in én uit kunnen. En dat doet Mendeley, maar niet zonder een paar instellingen te veranderen. In dit bericht zal ik uitleggen hoe je Mendeley het best kan ‘temmen’.
Om ervoor te zorgen dat Mendeley een BibTeX-bestand synchroniseert (en dus niet eenmalig bijwerkt), ga je naar in de opties naar het tabblad “BibTeX” (Windows: het menu “Tools” > “Options”; Mac: “Mendeley Desktop” > “Preferences…”). Vink nu “Enable BibTeX syncing” aan en klik op “Create one BibTeX file per collection” aan om ervoor te zorgen dat elke collectie (Mendeley-Folder of -Group) een eigen BibTeX-bestand krijgt. Voor de lokatie van de BibTeX-bestanden suggereer ik iets als ~/Documents/Mendeley Desktop/BibTeX, dan worden je .bib-bestanden samen bij de PDF’jes van je artikelen bewaard. Verder vind ik het fijn dat al mijn projecten een eigen BibTeX-bestand krijgen, want dan worden de losse bestanden tenminste niet zo groot.
Een andere handigheid die mij al vaak mijn TeX-leven heeft gered, is dat ik voor ieder schrijfproject een aparte map aanmaak (met de fantasieloze naam “LaTeX”). Een voorbeeld. Stel nu, ik ben bezig met een project. Ik heb de volgende (arbitraire) map-structuur op m’n (Mac OS X) computer:
Ik heb mezelf aangeleerd om al mijn LaTeX-gerelateerde documenten, per project, in één LaTeX-map te zetten (dat zijn de *.tex, een *.bib en een map images/ met alle plaatjes). Nu ben ik overgestapt op Mendeley en die houdt een BibTeX-bestand bij voor ieder los project in ~/Documents/Mendeley Desktop/BibTeX. Dat is een beetje vervelend, want dat is niet de LaTeX-map van het project, en LaTeX kan ook niet omgaan met spaties in bestandslocaties.
Hoe vertel ik nu tegen LaTeX waar mijn referentiebibliotheek staat? Dit kan op twee manieren: 1) je haalt de spaties uit de map van Mendeley Desktop en vertelt LaTeX waar je referentiebibliotheek écht staat of 2) je houdt LaTeX voor de gek en maakt een symbolische link aan op de plaats waar LaTeX verwacht dat je BibTeX-bestand staat. Let op, dit is niet hetzelfde als een snelkoppeling (Windows) of een alias (Mac OS X)! Hoe doe je dit?
Optie 1
Ga in Mendeley weer naar de opties, maar ditmaal naar het tabblad “File Organizer”. Als je een vinkje hebt staan bij “Organize my files”, haal dan de spatie uit de padnaam (er staat nu dus “MendeleyDesktop”, i.p.v. mét spatie). Doe hetzelfde op het tabblad “BibTeX” waar je eerder al was. Zet nu aan het eind van je .tex-bestand, op de plek waar de bibliografie moet verschijnen, de volgende regels:
\addcontentsline{toc}{chapter}{Bibliography} % Optioneel
\bibliographystyle{ieeetr} % Om de stijl van de bibliografie in te stellen; andere opties mogelijk
\bibliography{~/Documents/MendeleyDesktop/BibTeX/project.bib}
Optie 2
Om een link aan te maken van het originele BibTeX-bestand naar de LaTeX-map, kan gebruikt gemaakt worden van een symbolische link (symlink). In Unix (dus ook Mac OS X) en Linux typ je het volgende in de terminal:
ln -s [bronbestand] [doellocatie]
Let op dat je de spaties moet afvangen door een backslash ervoor te zetten, of het volledige pad tussen aanhalingstekens moet zetten. Een voorbeeld:
Let op, ik heb dit niet getest in Linux of Windows. Let nog een keer op: een symlink is niet hetzelfde als een snelkoppeling (Windows) of een alias (Mac OS X).
Tot slot moet ik opmerken dat er nog altijd een aantal bugs (en bad features) in Mendeley zitten, maar dat ik de opzet van het programma heel sterk en compleet vind. Het is waarschijnlijker voor een (nieuw) programma dat fouten er in de loop der tijd uitgehaald worden; de kans is kleiner dat nieuwe functionaliteiten in diezelfde tijd toegevoegd zullen worden. Mijn conclusie: Mendeley is een goed en veelbelovend programma.
Als je een verslag of een artikel schrijft, raak je dan ook altijd in de war met je referenties? Raak jij ook wel eens artikelen kwijt op je computer? Werk jij ook wel eens op verschillende computers aan een bepaald project? Is het antwoord op één of meer van deze vragen “ja”, kijk dan eens naar een artikelbeheersysteem.
De meest bekende programma’s om je referenties mee te beheren zijn Endnote en RefWorks. Dat werkt aardig, maar veel meer dan referenties beheren kun je er niet mee: de PDF-bestanden van de bijbehorende artikelen raak je nog steeds kwijt. Verder werken ze vooral goed samen met Word, maar niet met LaTeX/BibTeX. (Exporteren kan wel, maar importeren niet gemakkelijk.) En je moet maar het geluk hebben dat je school/universiteit/werkgever een licentie heeft, want ze zijn veel te duur om zelf aan te schaffen (Endnote: $109,95, Refworks: $100 per jaar).
Er bestaan gelukkig meer programma’s. Recentelijk werden wij getipt over twee hele mooie programma’s. De eerste is Mendeley (gratis, open source, en voor Window en Mac en Linux), de tweede Papers (€ 20 voor studenten, van Nederlandse bodem en alleen voor de Mac).
Beide programma’s hebben grote overeenkomsten met elkaar. Ze beheren allebei je collectie PDF-bestanden voor je, net zoals iTunes dat doet met je muziek: bestanden krijgen automatisch een zinnige naam, worden in de juiste map gestopt, etc. Ook laten ze je eenvoudig de juiste metadata (auteurs, tijdschrift, datum, etc) opzoeken op internet. Ook kennen beide een optionele iPad/iPhone applicatie (gratis bij Mendeley, € 12 bij Papers) die kan synchroniseren met je computer, zodat je ook onderweg artikelen kunt lezen. Beide programma’s kunnen ook overweg met BibTeX en laten je eenvoudig de citekeys kopiëren. Bekijk hieronder een filmpje over Papers. Mendeley werkt ongeveer gelijk, maar daarvan kon ik geen mooi filmpje vinden.
De programma’s zijn niet gelijk en hebben elk zo hun rare eigenschappen. Mendeley kan, voor elke collectie die je aanmaakt, een .bib-bestand exporteren en deze automatisch bijwerken maken wanneer je wijzigingen aanbrengt in de collectie. Het rare is wel dat de .bib-bestanden voor al die collecties in één map moeten staan en dat is tamelijk onhandig. Papers kan ook exporteren naar BibTeX, maar dit moet je wel handmatig doen. Daar staat tegenover dat je dan wel vrij bent om het .bib-bestand in willekeurige map te zetten.
Mendeley is beschikbaar als bètaversie voor Windows, Mac en Linux, terwijl Papers er alleen voor de Mac is en wél af is. Bij Mendeley is duidelijk te merken dat het geen ‘echte’ Mac-applicatie is. Zo gaat het lezen van PDF’jes vrij traag (je zit soms een tijdje naar een witte pagina te kijken voordat er iets gebeurt) en zien hun lettertypen er ietwat raar/onscherp uit. Papers is een stuk vlotter. Wanneer één auteur met verschillende namen (B Voorbeeld, B. Voorbeeld en Bij Voorbeeld) voorkomt in je collectie, is het bij Papers eenvoudig om deze samen te voegen, terwijl deze optie helemaal niet in Mendeley zit. Ook kun je vanuit Papers artikelen zoeken met Google Scholar, Scopus en Pubmed en direct de PDF’jes, met metadata en al, importeren. Daar staat tegenover dat Mendeley al je data synchroniseert met het internet, en je dus zonder problemen op meerdere computers kunt werken. Je krijg 500 MB online opslagruimte, wat tegen betaling uit te breiden is. Bij Papers staat dit alleen op de planning, maar vooralsnog kun je wel de Papers-database in Dropbox zetten voor een soort van synchronisatie. Ook kan Papers overweg met EZproxies, zodat je thuis artikelen kunt downloaden. Een groot pluspunt voor Mendeley is dan weer dat ‘ie erg goed is in het automatisch herkennen van metadata uit de tekst van de PDF, terwijl Papers dit niet kan.
Samenvattend, het beheren en doorzoeken van je artikelen is met Mendeley en Papers een stuk eenvoudiger geworden en het zijn beiden fantastische programma’s. Ik vind Papers net iets prettiger in gebruik, maar Mendeley heeft vele andere voordelen en is voor zijn prijs niet te verslaan. Wil je de programma’s proberen? Van Papers is een 30 dagen-probeerversie beschikbaar, en Mendeley is natuurlijk helemaal gratis.
Heb jij ervaring met een van deze programma’s, of tips voor andere soortgelijke programma’s? Laat het vooral weten!
