Een W|A widget voor scheikundigen

Ben jij ook wel eens last minute op zoek naar stofeigenschappen van reactanten? Vind je Wikipedia ook niet betrouwbaar? Azmanam van de Chemistry Blog heeft een Wolfram|Alpha-widget geschreven voor chemici. Hij is vrij te gebruiken en door een Wolfram-account aan te maken, kun je hem zelfs aanpassen. Wij presenteren u met gepast respect:

Edit: Nu ook te gebruiken als Desktop Gadget voor Windows, of Dashboard widget voor Mac OS X. Klik.

Chemicalize: overal moleculen

“Het Internet is de grote moderne bron van alle huidige kennis.” Dat zou mooi zijn, toch? Helaas is dat (nog) niet waar. De Engelse Wikipedia is goed te vertrouwen (in tegenstelling tot de Nederlandse), en er zijn al een hoop websites waar interessante kennis wordt verzameld. Jammer genoeg staat er nog veel in boeken én is een hoop kennis op Internet onbetrouwbaar.

Maar wat nou als je het Internet zélf slimmer zou kunnen maken? Een mooi voorbeeld vind ik Google Translate: dit is een vertaalfunctie die iedere lap proza kan vertalen in een aantal andere talen. De slimste functie vind ik de mogelijkheid om complete websites te vertalen. Als je een interessante website tegenkomt die in een vreemde taal geschreven is, laat je Google die site vertalen naar het Engels of Nederlands. Zo leg je kennis (taal) over het Internet (je interessante website) heen. In het Engels heet dit The Semantic Web (Het Semantische Web*, dat wil zeggen dat het betrekking heeft tot betekenis in taal of logica). Supergoed idee, toch?

In de vakantie kwam ik een soortgelijke functionaliteit tegen: Chemicalize. Op deze website kun je snel informatie (structuur + link naar meer info) opzoeken over moleculen, op dezelfde manier als dat Google websites vertaalt. Voer het adres van de website in en op die site zullen alle chemische namen onderlijnd worden. Wanneer je je cursor over de naam houdt, verschijnt er een kleine afbeelding van het betreffende molecuul. Als je op het molecuul zou klikken, word je verwezen naar een website met meer informatie.

Laat zien, laat zien! Als voorbeeld zullen we deze blogpost chemikalizeren. Klik op deze link, en kijk naar deze woorden: carbon, oxygen, cocaine, cafeine, nicotine, theobromine, histamine, gold, DNA. Let op dat de versie die nu uit is, een alfa is. Dat betekent dat hij nog niet voor algemeen gebruik geschikt is, maar dat er wel al mee getest kan worden en dat bug reports op prijs worden gesteld.

Als je een website op deze manier wil bekijken, kun je naar de website van Chemicalize gaan en daar het adres van deze site invoeren, maar je kan ook handmatig een website op deze manier bekijken. Als je goed naar de url kijkt, zie je al wat de clou is:

www.chemicalize.org/?q=https://scheikundejongens.nl

Nu je dit weet, zijn er opeens een heleboel dingen mogelijk. Je kunt deze functie heel gemakkelijk in FireFox verwerken, maar je zou dit ook kunnen automatiseren voor complete websites. Voor een weblog bijvoorbeeld. Onze weblog! Elke keer als jullie dan op onze blog zouden komen, zou geen enkele chemische naam meer iets voor jullie verborgen kunnen houden. Uit betrouwbare bron hoorden we dat er al aan een functionaliteit wordt gewerkt voor WordPress (de software waarmee wij onze weblog maken). Dus hierbij onze vraag aan jullie: wat denken jullie daarvan? Zouden jullie dat gemakkelijk vinden, of juist storend? En zouden jullie nog meer toepassingen kunnen verzinnen voor deze functionaliteit?

Via Reactive Chemistry Blog

* Andere, duidelijkere, vertalingen kunnen zijn: Het Toegevoegde Web, Het Intelligente Web en Het Overdekte Web

Wiki’s voor chemici

Op de middelbare school heerste de doctrine dat de dingen die je op Internet leest, niet te vertrouwen zijn. Als ik nu naar een getal zoek, check ik Wolfram|Alpha en anders biedt Wikipedia uitkomst.

Wikipedia is ooit (januari 2001) begonnen als opvolger van een andere online encyclopedie, waar niet zomaar iedereen artikelen kon aanpassen. Een wiki is een website waarbij iedereen pagina’s (artikelen) kan aanmaken met een specifieke inhoud. Het mooie aan een wiki is dat iedereen ze ook kan aanpassen en naar elkaar kan laten verwijzen. Wikipedia is verreweg de bekendste wiki.

Maar hoe goed is een wiki, en Wikipedia in het speciaal? Die vraag heerst natuurlijk al langer en zal ook altijd moeten blijven. Wikipedia is ooit begonnen uit frustratie. Dat vind ik mooi, dingen die beginnen uit frustratie omdat wat nu bestaat, niet goed genoeg is. Er was behoefte aan een plaats waar objectieve informatie gemakkelijk uitgelegd stond. Wat bedoeld werd, is dat als een chemicus wil opzoeken wat ook alweer de tweede wet van de thermodynamica is, dat in chemische taal wordt uitgelegd. Of als een geoloog niet meer weet hoe het verschil tussen de geografische en geomagnetische pool heet, is dat daar te vinden. Objectieve informatie. Iets met definities en waarden.

Definities en waarden zijn, binnen het dogma van onze natuurwetenschap, objectief, want ze zijn gestandaardiseerd. Er is al genoeg onderzoek gedaan naar de betrouwbaarheid van dit soort informatie. Voorheen was de standaard van vertrouwen de Encyclopædia Britannica, al schijnt dat door diezelfde encyclopedie tegen te worden gesproken. Hoe dan ook, er staan ongeveer evenveel fouten in en misschien is dat aanvaardbaar. Pas op, ik heb het over de Engelse Wikipedia.

Maar nu het interessante: de spin-offs voor scheikundigen. De twee grootste die ik ken zijn Chempedia en de ChemWiki. Rara, politiepet.

ChemWiki is een initiatief van een professor van de universiteit van Californië. De website is een wiki, dus iedereen kan bijdragen. Alle onderwerpen zijn netjes gerangschikt naar module: analytische, anorganische, biologische, organische, theoretische en fysische chemie. Er is zelfs een hoofdstuk over veel gebruikte wiskundige methodes voor scheikundigen. De website is nog lang niet af, maar de opzet is er al en enorm uitgebreid. De site is niet alleen voor scheikundestudenten, maar er zijn ook secties voor middelbare scholieren en mensen met een basale kennis van chemie. Een goed alternatief voor Wikipedia, jammer dat hij minder uitgebreid is.

Nu komt er wat raars. Chempedia. Ik weet niet wat ik hiermee aan moet. Het idee is weer dat iedereen zich kan aanmelden, maar de inhoud is anders. Deze website streeft ernaar alle chemische structuren die bekend zijn, te verzamelen… Denk hier eventjes rustig over na.

Goed, dat is veel werk, maar je moet ergens beginnen. De mensen achter Chempedia zijn ook al lekker op weg om een heleboel (organische) structuren te verzamelen. Nu dacht ik dat er ook een heleboel informatie beschikbaar zou zijn over de betreffende stof, maar die kan ik dus niet vinden. Het peer-review systeem (het beoordelen van kennis door je ‘gelijken’) is ook duidelijk, maar waarom? Je krijgt een bepaalde reputatie toegewezen waarbij je punten krijgt voor gewenst gedrag en punten aftrek voor ongewenst gedrag. +15 voor het volledig invullen van je profiel, +5 voor het insturen van een structuur, +5 voor als andere mensen een naam geven aan je structuur en nog wat andere puntenverdelingen voor hoe goed iemand anders jouw naamgeving vindt. Als ik het goed begrijp, worden er dus alleen maar plaatjes van structuren gekoppeld aan namen. Ik vind het ook vervelend dat een structuur soms wel 7 verschillende namen heeft, maar wat is hier nou de lol aan? Want, wat betekent nou een naam? Zou een roos nog steeds als een roos ruiken, als we hem geen roos meer zouden noemen?

Wat ik wil zeggen, is dat dat niet iedere wiki goed werkt. De Engelse Wikipedia over natuurwetenschappelijke onderwerpen vind ik erg goed. De onderwerpen die lastiger objectief te vatten zijn, zijn minder betrouwbaar. De Nederlandse Wikipedia is vaak niet te vertrouwen. Supersorry. Ik heb hoge verwachtingen van ChemWiki. De opzet is goed, maar hij is nog niet af. Chempedia? Ik denk het niet. Geen nut, geen zin, geen hit.