Mark – Pagina 10 – Scheikundejongens

Artikelbeheersystemen: Mendeley en Papers

Als je een verslag of een artikel schrijft, raak je dan ook altijd in de war met je referenties? Raak jij ook wel eens artikelen kwijt op je computer? Werk jij ook wel eens op verschillende computers aan een bepaald project? Is het antwoord op één of meer van deze vragen “ja”, kijk dan eens naar een artikelbeheersysteem.

De meest bekende programma’s om je referenties mee te beheren zijn Endnote en RefWorks. Dat werkt aardig, maar veel meer dan referenties beheren kun je er niet mee: de PDF-bestanden van de bijbehorende artikelen raak je nog steeds kwijt. Verder werken ze vooral goed samen met Word, maar niet met LaTeX/BibTeX. (Exporteren kan wel, maar importeren niet gemakkelijk.) En je moet maar het geluk hebben dat je school/universiteit/werkgever een licentie heeft, want ze zijn veel te duur om zelf aan te schaffen (Endnote: $109,95, Refworks: $100 per jaar).

Er bestaan gelukkig meer programma’s. Recentelijk werden wij getipt over twee hele mooie programma’s. De eerste is Mendeley (gratis, open source, en voor Window en Mac en Linux), de tweede Papers (€ 20 voor studenten, van Nederlandse bodem en alleen voor de Mac).

Beide programma’s hebben grote overeenkomsten met elkaar. Ze beheren allebei je collectie PDF-bestanden voor je, net zoals iTunes dat doet met je muziek: bestanden krijgen automatisch een zinnige naam, worden in de juiste map gestopt, etc. Ook laten ze je eenvoudig de juiste metadata (auteurs, tijdschrift, datum, etc) opzoeken op internet. Ook kennen beide een optionele iPad/iPhone applicatie (gratis bij Mendeley, € 12 bij Papers) die kan synchroniseren met je computer, zodat je ook onderweg artikelen kunt lezen. Beide programma’s kunnen ook overweg met BibTeX en laten je eenvoudig de citekeys kopiëren. Bekijk hieronder een filmpje over Papers. Mendeley werkt ongeveer gelijk, maar daarvan kon ik geen mooi filmpje vinden.

De programma’s zijn niet gelijk en hebben elk zo hun rare eigenschappen. Mendeley kan, voor elke collectie die je aanmaakt, een .bib-bestand exporteren en deze automatisch bijwerken maken wanneer je wijzigingen aanbrengt in de collectie. Het rare is wel dat de .bib-bestanden voor al die collecties in één map moeten staan en dat is tamelijk onhandig. Papers kan ook exporteren naar BibTeX, maar dit moet je wel handmatig doen. Daar staat tegenover dat je dan wel vrij bent om het .bib-bestand in willekeurige map te zetten.

Mendeley is beschikbaar als bètaversie voor Windows, Mac en Linux, terwijl Papers er alleen voor de Mac is en wél af is. Bij Mendeley is duidelijk te merken dat het geen ‘echte’ Mac-applicatie is. Zo gaat het lezen van PDF’jes vrij traag (je zit soms een tijdje naar een witte pagina te kijken voordat er iets gebeurt) en zien hun lettertypen er ietwat raar/onscherp uit. Papers is een stuk vlotter. Wanneer één auteur met verschillende namen (B Voorbeeld, B. Voorbeeld en Bij Voorbeeld) voorkomt in je collectie, is het bij Papers eenvoudig om deze samen te voegen, terwijl deze optie helemaal niet in Mendeley zit. Ook kun je vanuit Papers artikelen zoeken met Google Scholar, Scopus en Pubmed en direct de PDF’jes, met metadata en al, importeren. Daar staat tegenover dat Mendeley al je data synchroniseert met het internet, en je dus zonder problemen op meerdere computers kunt werken. Je krijg 500 MB online opslagruimte, wat tegen betaling uit te breiden is. Bij Papers staat dit alleen op de planning, maar vooralsnog kun je wel de Papers-database in Dropbox zetten voor een soort van synchronisatie. Ook kan Papers overweg met EZproxies, zodat je thuis artikelen kunt downloaden. Een groot pluspunt voor Mendeley is dan weer dat ‘ie erg goed is in het automatisch herkennen van metadata uit de tekst van de PDF, terwijl Papers dit niet kan.

Samenvattend, het beheren en doorzoeken van je artikelen is met Mendeley en Papers een stuk eenvoudiger geworden en het zijn beiden fantastische programma’s. Ik vind Papers net iets prettiger in gebruik, maar Mendeley heeft vele andere voordelen en is voor zijn prijs niet te verslaan. Wil je de programma’s proberen? Van Papers is een 30 dagen-probeerversie beschikbaar, en Mendeley is natuurlijk helemaal gratis.

Heb jij ervaring met een van deze programma’s, of tips voor andere soortgelijke programma’s? Laat het vooral weten!

Bedankt voor de tips, Jan-Hein en Laura

Studium Generale over nanotechnologie

Nanotechnologie. Ik krijg soms een beetje de kriebels van dat woord. Niet alleen omdat ik de indruk heb dat journalisten die met de term strooien vaak geen idee hebben wat het inhoudt (namelijk: gewoon natuur- en scheikunde), maar ook omdat de mogelijkheden naar mijn mening grof overschat worden. Niet zozeer door de wetenschappers in het veld, maar wel door de eerder genoemde journalisten.

Zo las ik recentelijk in een aankondiging van een discussie-avond van Studium Generale over nanotechnologie: “…door je lichaam patrouillerende nanobots die je bloedspiegel perfect op peil houden.” Nanobots? Laat me niet lachen. We hebben al moeite om een beetje mooi en reproduceerbaar nanodeeltjes te maken. Nanobots horen wat mij betreft écht thuis in sciencefictionboeken.

Met zulke absurde toekomstverwachtingen snap ik wel dat ‘het grote publiek’ een angst heeft voor nanotechnologie. Ik zou me ook niet helemaal lekker voelen bij de gedachte dat er nanobots in mijn bloed zouden zitten. Of in mijn hersenen, als groot complot van de overheid om mij zodanig te beïnvloeden dat ik geen kritische vragen meer stel. Ik zie de laatste tijd overigens ook verdacht veel chemtrails.

Hoe dan ook, het is fijn om chemicus te zijn. Dan weet je dat dergelijke zaken écht niet aan de orde zijn (maar mij moet je niet geloven, want ik ben onderdeel van Het Complot). Wat wél aan de orde is, is dat nanomaterialen andere eigenschappen hebben dan hun niet-nano varianten. Goudnanodeeltjes zijn bijvoorbeeld rood van kleur, terwijl goud normaal goudkleurig is. Ook kunnen nanodeeltjes een stuk reactiever zijn. Dat komt omdat bij nanodeeltjes een veel groter deel van de atomen aan het oppervlak zit. Daarom zijn nanodeeltjes erg interessant voor bijvoorbeeld de katalyse. Ook zouden nanodeeltjes vanwege hun grootte wellicht makkelijker cellen kunnen binnendringen. Maar vergeet niet: moleculen zijn vaak nog een heel slag kleiner en kunnen dat dus ook. Alle reden dus om voorzichtig te zijn met het toepassen van nanotechnologie (of liever: nanomaterialen) in consumentenproducten.

Quantum dots — Een mooi voorbeeld van nanotechnologie: quantum dots, bolletjes van halfgeleiders van enkele nanometers groot. Afhankelijk van de precieze grootte zenden de quantum dots onder invloed van UV-straling diverse kleuren zichtbaar licht uit. Afbeelding © Scheikundejongens

Terug naar Studium Generale. In de betreffende bijeenkomst (theaterdebat, zoals men het treffend noemt) gaat het publiek discussiëren over nanotechnologie. Acteurs zullen de consequenties van de vragen en beslissingen van het publiek live uitbeelden. Ik weet niet wat ik me daarbij moet voorstellen, maar het klinkt interessant. Ik hoop dat de discussie vooral redelijke wetenschap zal bestrijken en de fantastische sciencefiction aan de acteurs overgelaten zal worden.

Het is het natuurlijk lovenswaardig dat met evenementen als deze aan een breder publiek wordt uitgelegd wat nanotechnologie precies is. Ook is het goed dat hiermee een bijdrage wordt geleverd aan het publieke debat over dit onderwerp, maar ik vind het érg jammer dat men in de aankondiging het grote publiek onnodig bang maakt met zaken die totaal niet aan de orde zijn. Maar ja, zo hebben we in elk geval weer wat om over te discussiëren.

De lezing is op donderdag 21 oktober van 20:00 tot 22:00 uur in de aula van het Akademiegebouw in Utrecht. De toegang is gratis. Na afloop is het debat terug te zien via de website van Studium Generale.

Wie zijn de Scheikundejongens?

We hebben al enige tijd een “Over ons” pagina om nieuwsgierige bezoekers te vertellen wie wij zijn. We waren echter niet meer tevreden over deze pagina: er stond te weinig informatie op en hij vertelde niets over de Scheikundejongens zelf. Het was dus hoog tijd om hier iets aan te doen, maar lang kwam het er niet van. Tot nu.

De “over ons” pagina is vernieuwd! Hij is nu voorzien van uitgebreide beschrijving over wie de Scheikundejongens zijn en wat we in het dagelijks leven doen. We hopen dat we nog wel veilig over straat kunnen zonder herkend te worden en handtekeningen uit te moeten delen.

Met wie heb jij chemie?

Het imagotraject Chemie is Overal is een initiatief van de Regiegroep Chemie om het imago van de chemie wat op te vijzelen. Het wil laten zien “wat chemie is, wat je er mee kunt en waarom het belangrijk is.” Zo is er een weblog, mooie posters en natuurlijk het spel Mijn Chemie. En nu grijpt Chemie is Overal ook de wereld van de sociale media aan om het beeld van chemie bij voornamelijk jongeren te verbeteren. Het komt namelijk met een heuse Hyves Gadget. Hoe web 2.0!

Met de gadget kun je op je vrienden stemmen in categorieën als knap, sportief, stoer en sexy. Je krijgt steeds twee willekeurige vrienden te zien en moet aangeven wie je het knapst, stoerst, enzovoort vindt. De bedoeling is dat ook je vrienden de gadget gaan gebruiken en dus ook jóu gaan beoordelen. Daarna vertelt de gadget met wie van je vrienden jij de meeste eigenschappen gemeen hebt. Oftewel: met wie jíj chemie hebt!

De gadget vertelt ook per categorie wat daar nu precies chemisch aan is: sportiever dankzij energiedrank, knapper dankzij make-up en lieve zeehondjes redden dankzij kunstbont. Zo hopen ze de term ‘chemie’ positief onder de aandacht te brengen en aan iedereen duidelijk te maken dat chemie écht overal is. In tegenstelling veel andere promotiepraatjes, zitten er in deze campagne geen verborgen boodschap zoals “kom bij ons studeren!” of “kom bij ons werken!” (al zou dat eerste geen gek idee zijn).

Ik vind het erg jammer dat de gadget er alleen voor Hyves is: ik doe nooit iets met Hyves en mijn ‘vrienden’ hebben ook nog niet op mij gestemd (want die zitten, net als ik, allemaal op Facebook). Zo kom ik er natuurlijk nooit achter met wie ik chemie heb! Ik hoop in elk geval van harte dat de doelgroep wél op Hyves zit en ben erg benieuwd naar de resultaten van deze actie.

Grappige graphical abstracts

De hoeveelheid artikelen die gepubliceerd worden in wetenschappelijke tijdschriften zoals Nature, Science, of Physical Review Letters (dus niet de Quest) is enorm. Gebruiken we Google Scholar als maatstaaf, dan zien we dat er in 2009 zo’n 253.000 artikelen en boeken zijn gepubliceerd waar het woord “chemistry” in voorkomt.

Zijn we iets specifieker en zoeken we op “physical chemistry”, dan zijn het er nog steeds 61.700. Zelfs al zoek je op iets specifieks als “quantum dot”, dan vind je nog 8970 publicaties. Een artikel helemaal doorlezen, uitpluizen en goed begrijpen kost al snel een paar uur tot een dag, dus het mag duidelijk zijn dat we dit niet allemaal kunnen gaan lezen. Het is zelfs nog veel te veel nog maar de samenvatting van te lezen. Daar zou je een dagtaak aan hebben.

Hoe kun je dan beoordelen of een artikel het lezen waard is? De titel lezen is natuurlijk vaak een goed begin (al zijn ze soms behoorlijk cryptisch), en plaatjes kijken kan ook veel informatie opleveren. Maar voor dat laatste moet je het artikel natuurlijk al wel voor je hebben: al bladerend door de (al dan niet digitale) inhoudsopgave van een tijdschrift helpen de plaatjes ín het artikel niet om te beslissen of iets nuttig is.

Om dit probleem op te lossen, is een aantal tijdschriften op het idee gekomen om zogeheten graphical abstracts in te voeren: een samenvatting in de vorm van een plaatje. Dit plaatje kan bijvoorbeeld bij de titel in de inhoudsopgave worden getoond om snel te kunnen beoordelen of je een artikel wilt lezen. Eén van die tijdschriften is het Journal of Physical Chemistry B. Super goed idee.

Plaatjes zijn nuttig. Een goed plaatje, in elk geval. Niet bij elk artikel zit namelijk een even goed plaatje. Sommige plaatjes zijn van een belachelijk lage resolutie, passen overduidelijk niet bij het onderwerp of vertellen niets inhoudelijks. De blog TOC ROFL gaat precies daarover: lachwekkende plaatjes in de inhoudsopgaven van wetenschappelijke tijdschriften. Erg grappig. Voor in je RSS!

Hieronder twee van mijn favorieten.