Artikelbeheersystemen: Mendeley en Papers

Als je een verslag of een artikel schrijft, raak je dan ook altijd in de war met je referenties? Raak jij ook wel eens artikelen kwijt op je computer? Werk jij ook wel eens op verschillende computers aan een bepaald project? Is het antwoord op één of meer van deze vragen “ja”, kijk dan eens naar een artikelbeheersysteem.

De meest bekende programma’s om je referenties mee te beheren zijn Endnote en RefWorks. Dat werkt aardig, maar veel meer dan referenties beheren kun je er niet mee: de PDF-bestanden van de bijbehorende artikelen raak je nog steeds kwijt. Verder werken ze vooral goed samen met Word, maar niet met LaTeX/BibTeX. (Exporteren kan wel, maar importeren niet gemakkelijk.) En je moet maar het geluk hebben dat je school/universiteit/werkgever een licentie heeft, want ze zijn veel te duur om zelf aan te schaffen (Endnote: $109,95, Refworks: $100 per jaar).

Er bestaan gelukkig meer programma’s. Recentelijk werden wij getipt over twee hele mooie programma’s. De eerste is Mendeley (gratis, open source, en voor Window en Mac en Linux), de tweede Papers (€ 20 voor studenten, van Nederlandse bodem en alleen voor de Mac).

Beide programma’s hebben grote overeenkomsten met elkaar. Ze beheren allebei je collectie PDF-bestanden voor je, net zoals iTunes dat doet met je muziek: bestanden krijgen automatisch een zinnige naam, worden in de juiste map gestopt, etc. Ook laten ze je eenvoudig de juiste metadata (auteurs, tijdschrift, datum, etc) opzoeken op internet. Ook kennen beide een optionele iPad/iPhone applicatie (gratis bij Mendeley, € 12 bij Papers) die kan synchroniseren met je computer, zodat je ook onderweg artikelen kunt lezen. Beide programma’s kunnen ook overweg met BibTeX en laten je eenvoudig de citekeys kopiëren. Bekijk hieronder een filmpje over Papers. Mendeley werkt ongeveer gelijk, maar daarvan kon ik geen mooi filmpje vinden.

De programma’s zijn niet gelijk en hebben elk zo hun rare eigenschappen. Mendeley kan, voor elke collectie die je aanmaakt, een .bib-bestand exporteren en deze automatisch bijwerken maken wanneer je wijzigingen aanbrengt in de collectie. Het rare is wel dat de .bib-bestanden voor al die collecties in één map moeten staan en dat is tamelijk onhandig. Papers kan ook exporteren naar BibTeX, maar dit moet je wel handmatig doen. Daar staat tegenover dat je dan wel vrij bent om het .bib-bestand in willekeurige map te zetten.

Mendeley is beschikbaar als bètaversie voor Windows, Mac en Linux, terwijl Papers er alleen voor de Mac is en wél af is. Bij Mendeley is duidelijk te merken dat het geen ‘echte’ Mac-applicatie is. Zo gaat het lezen van PDF’jes vrij traag (je zit soms een tijdje naar een witte pagina te kijken voordat er iets gebeurt) en zien hun lettertypen er ietwat raar/onscherp uit. Papers is een stuk vlotter. Wanneer één auteur met verschillende namen (B Voorbeeld, B. Voorbeeld en Bij Voorbeeld) voorkomt in je collectie, is het bij Papers eenvoudig om deze samen te voegen, terwijl deze optie helemaal niet in Mendeley zit. Ook kun je vanuit Papers artikelen zoeken met Google Scholar, Scopus en Pubmed en direct de PDF’jes, met metadata en al, importeren. Daar staat tegenover dat Mendeley al je data synchroniseert met het internet, en je dus zonder problemen op meerdere computers kunt werken. Je krijg 500 MB online opslagruimte, wat tegen betaling uit te breiden is. Bij Papers staat dit alleen op de planning, maar vooralsnog kun je wel de Papers-database in Dropbox zetten voor een soort van synchronisatie. Ook kan Papers overweg met EZproxies, zodat je thuis artikelen kunt downloaden. Een groot pluspunt voor Mendeley is dan weer dat ‘ie erg goed is in het automatisch herkennen van metadata uit de tekst van de PDF, terwijl Papers dit niet kan.

Samenvattend, het beheren en doorzoeken van je artikelen is met Mendeley en Papers een stuk eenvoudiger geworden en het zijn beiden fantastische programma’s. Ik vind Papers net iets prettiger in gebruik, maar Mendeley heeft vele andere voordelen en is voor zijn prijs niet te verslaan. Wil je de programma’s proberen? Van Papers is een 30 dagen-probeerversie beschikbaar, en Mendeley is natuurlijk helemaal gratis.

Heb jij ervaring met een van deze programma’s, of tips voor andere soortgelijke programma’s? Laat het vooral weten!

Bedankt voor de tips, Jan-Hein en Laura

Hoe was de nacht van de nerds?

Heel raar. Als je aan de bètahoek vraag hoe hip nerds zijn, krijg je een positief antwoord. Als je het daarentegen aan de sociologen vraagt, vertellen ze je dat de stijlvolle en hippe nerd niet bestaat. Het zijn hipsters die zichzelf een nerd-stijl hebben aangemeten. Nerds worden gepest, leren graag iets nieuws, hebben inderdaad een beugel en/of een bril en ze kunnen je computer fixen. Misschien is het ook wel een stijl die hipsters zichzelf aanmeten.

Afgelopen zaterdagavond was het groot feest in nerdminnend Nederland. In Science Center NEMO was de Night of the Nerds. Natuurlijk is mijn mening bevooroordeeld, dus heb ik wat van mijn vrienden gevraagd wat zij ervan vonden. Voor iedereen die ook op NotN was: ik hoor graag in de commentaren wat jullie, lezers, ervan vonden.

Daphne
Ik moest even nadenken over wat ik nou het leukst vond, maar hier is het dan: Ik ben o.a. naar de Nerdtalk over chemisch koken geweest, waarin chemisch koken werd uitgelegd en een kok demo’s gaf. Het allerleukst vond ik het ‘drakenzoethoudertje’. Hierbij maakte de kok een schuim van zoethoutextract in water en bevroor een klodder hiervan in vloeibaar stokstof. Vervolgens stopte hij zo’n bevroren klodder in zijn mond en kwam er ‘rook’ uit zijn neusgaten. Dat gaf een erg komisch effect!

Dominique
Mijn keuze is gevallen op de Nerdtalk van Collapsus.com. Het verhaal ging over een game dat de problematiek achter het energievraagstuk probeert duidelijk te maken aan de hand van filmfragmenten, een strategiegedeelte en achtergrondinformatie. Ik heb niet voor deze Nerdtalk niet gekozen omdat ik het een goed idee vind, of vanwege het feit dat het best leuk lijkt om te doen, maar om de nerd te eren die het praatje gaf. Helaas was dat een bevestiging van het stereotype nerd, want het verhaal wat hij vertelde was jammerlijk en een verspilling van de tijd. Waarom dan toch deze nerdtalk behandelen? Het is Night of the Nerds! Verering van de nerd at its best (or worst)! Zodra hij de techniek weer zijn gang liet gaan, was het fantastisch om te zien. Voor mij datgene waar NotN om draait in een notendop.

Freddy
Ik ging onder andere naar de Nerdtalk over de toekomstige voedselvoorziening in de Westerse wereld (= insecten eten). Naderhand was er een vragenrondje. De eerste persoon die een vraag stelde, kreeg van de zaalvoorzitter het commentaar “Zozo, dat is een echte nerdvraag!” Normaal gesproken is dat natuurlijk niet zo aardig om te zeggen, maar afgelopen zaterdag mochten dat soort opmerkingen als compliment worden opgevat.

Een echt nerdfeest == suffe muziek && weinig dansende mensen

Winnie
Ik vond het eten van de insecten wel erg leuk. Het verbaast me dat het eigenlijk best lekker is met chocola 🙂 of curry kruiden. Levende meelwormen eten vind ik dan wel weer iets minder aantrekkelijk.

Aan het einde van de avond, tijdens het slotfeest, kwamen we Bright.tv tegen. Wat waren hun observaties?

Lieve mensen van Oktober Kennismaand — speciaal Kim en Nathalie — dank jullie wel voor de vette avond. Volgend jaar zijn de Scheikundejongens in ieder geval weer van de partij.

De Wiskundemeisjes stoppen ermee

Vandaag op 10-10-’10 (dat is binair voor 42) krijgt de Nederlandse blogosphere een harde klap. Onze literaire nichtjes, de Wiskundemeisjes, stoppen met bloggen. Ionica is zwanger en Jeanine wil zich meer richten op haar onderwijs (zowel geven als krijgen).

Sinds maart 2006 schrijven De Meisjes om de dag een goed verhaal over wiskunde. Soms luchtig, soms diep. Ze schreven goede boekrecensies en interviews; over De Favoriete Wiskundige Van; vertelde leuke grapjes en deden elk jaar verslag van het Wiskundekamp. Dit laatste is waar de Wiskundemeisjes en de Scheikundejongens elkaar van kennen. Ik ben zelf jaren als deelnemer en als kampleider meegegaan op dat kamp. Daar heb ik een hoop geleerd over de informele kant van wiskunde. Hoe mooi het kan zijn, hoe grappig en hoe leuk. Dit is waar ik Ionica en Jeanine heb leren kennen. Dit is waar ik een wereld van nerds heb leren kennen en ik houd er nog steeds van.

Jeanine Daems & Ionica Smeets

Ionica en Jeanine zijn twee grote spelers in de wereld van de populaire wetenschap. Niet alleen hun blogs zijn bekend, maar ook hun optredens bij Klokhuis en columns in de Volkskrant. Hun blog maakte niet alleen diepe indruk in de exacte hoek, maar is ook onderscheiden met onder andere de Nobiles Blogwedstrijd en Dutch Bloggies.

Ik zou hier een lange en lyrische verhandeling kunnen houden over hoe geweldig de Wiskundemeisjes zijn, maar dat zouden ze alleen maar teveel eer vinden. Ik kan niet anders dan erkennen dat onze nichtjes eigenlijk onze moeders zijn.

Lieve Ionica, lieve Jeanine, we vinden het echt verschrikkelijk jammer dat jullie stoppen met bloggen. We hebben veel van jullie geleerd, zowel over bloggen, als over wetenschapsjournalistiek. Jullie zijn onze literaire inspiratiebron, ons referentiekader. Dank jullie wel voor 4,5 jaar leering ende vermaeck. We gaan jullie missen.

Met een liefdevol en chemisch saluut,

De Scheikundejongens

Twee Nobelprijzen scheikunde?

Afgelopen dinsdag is de Nobelprijs voor de natuurkunde en woensdag die voor de scheikunde uitgereikt. Mijn stelling: de prijs is dit jaar anderhalf keer naar de scheikunde gegaan.

Er wordt al sinds jaren gezeurd dat de Nobelprijs voor de scheikunde steeds meer naar biologische en biochemische onderzoeken gaat. Dit jaar is weer een klassiek scheikundig thema aan de beurt: de katalyse van een organische synthese. Direct begon een collega van mij te zeuren: “wanneer is er eens iets fysisch chemisch aan de beurt?” Lieve lezer, u begrijpt dat ook wetenschappers mensen zijn.

Nu het interessante. De prijs voor de natuurkunde is gegaan waar veel van mijn scheikunde-collega’s onderzoek naar doen: het twee-dimensionale grafeen. Grafeen is het moleculaire koolstof-kippengaas, een fantastische elektrische én wamtegeleider, verschrikkelijk sterk en komt van nature voor. Als van een laag grafeen een balletje gerold wordt, heet het een fullereen (een buckyball is het bekendste voorbeeld); als het opgerold wordt tot een koker, heet het een koolstof-nanobuis; als het gestapeld wordt, heet het grafiet. De bekendste toepassing van grafiet is volgens mij de stift in een potlood.

Een artististieke impressie van grafeen: de bollen zijn koolstofatomen. Licentie: Wikimedia CC

Grafeen is nieuw, hip en extreem interessant. En heel lastig te maken. Kunnen organisch chemici uren over praten. En katalytici ook. Maar dat ben ik niet, dus ik wil jullie graag wat vertellen over een van de Nobelprijswinnaars, Andre Geim. Twee leuke weetjes over Geim: hij kreeg in 2000 de Ig Nobelprijs en publiceerde een wetenschappelijk artikel in het tijdschrift Physica B. Met zijn hamster.

De Ig Nobelprijs is een tegenhanger van de Nobelprijs die ook elk jaar wordt uitgereikt. Deze prijs wil onderzoek uitlichten, dat op het eerste gezicht alleen grappig lijkt, maar dat eigenlijk wel degelijk nut heeft. Er waren niet veel mensen die geloofden dat je werkelijk een organisme kon laten zweven in een magneetveld zonder het te vermoorden. Geim deed het. Hij liet een kikker met behulp van een supersterk magneetveld in de lucht zwemmen. Dat maakt hem nu de enige Ig Nobelprijswinnaar die ook een echte Nobelprijs heeft. En andersom. Ik herinner me nog heel goed een item van Klokhuis hierover. Ze vertelden toen dat de magneet zoveel energie vrat, dat ze afspraken moesten maken met de elektriciteitscentrale over wanneer de magneet aan kon.

Het verhaal van de hamster vind ik erg sterk. Boven het artikel staan “A. K. Geim and H. A. M. S. ter Tisha”. Ik vind het een goeie grap en Geim verklaarde later: “Mijn hamster heeft meer aan dat experiment bijgedragen dan sommige van de andere co-auteurs, waarom zou hij niet genoemd worden?” Er werd hem verweten dat hij de wetenschap niet meer serieus nam, waarop hij stelde dat serieus zijn niet betekent dat je saai moet zijn.

Tot slot nog een bekentenis: ik, chemicus, heb zoveel meer kwantumchemie gezien dan organische chemie, dat ik veel meer weet over grafeen (zowel de toepassingen als de onderliggende theorie) dan over de palladium-gekatalyseerde cross couplings in organische synthese.

Wil je meer weten over de Nobelprijs voor de scheikunde van dit jaar? Op Kennislink|scheikunde staat hierover een erg goed artikel. Op Kennislink|nanotechnologie staat ook een interview met Andre Geim.