Een volgende manier van wetenschap

Wetenschap werkt simpel (lees: idealiter) gezegd op de volgende manier: 1) iemand komt met een idee; 2) hij/zij zoekt naar wetenschappelijke artikelen om te kijken wat er al over bekend is; 3) doet onderzoek; 4) schrijft zijn/haar bevindingen in een artikel op; 5) het artikel wordt gepubliceerd.

De échte wetenschap speelt zich af in stappen 1 en 3: creativiteit en originaliteit zijn verschrikkelijk belangrijk en de rest is intelligentie (boekenkennis) en doorzettingsvermogen. Dit proces is een ode an sich waard. In “De Magie van de Wetenschap” is een goeie poging gedaan om deze momenten te vangen. Ik zou pagina’s vol kunnen prevelen over de schoonheid van dit niveau van wetenschap, maar het zal niets zijn in vergelijking met de real deal.

Helaas heeft ook het bestaan van een wetenschapper saaiere kanten. Gelukkig worden studenten al snel hiermee in aanraking gebracht, zodat ze op tijd kunnen stoppen met hun studie. Een noodzakelijk kwaad is het zoeken naar en begrijpen van de literatuur. Dé Literatuur. Het collectieve geheugen van de moderne natuurwetenschap, gepersonificeerd als het Internet. Waar wetenschappers een decennium geleden of meer nog fysieke tijdschriften doorbladerden, zijn Google Scholar, Web of Science en PubMed onze kappers. Vanuit daar ploegen wetenschappers de digitale versies van hun begeerde tijdschriften door. Eerst was het een crime om genoeg tijdschriften te verzamelen en de referenties op orde te houden, nu is het vervelendste om niet teveel artikelen te verzamelen en de referenties op orde te houden.

Een wetenschappelijk artikel lezen is een zwaar en intellectueel uitdagend proces. De auteurs hebben hun best gedaan om zoveel mogelijk informatie, op een nog steeds leesbare manier, in zo weinig mogelijk tekst te weven. Een artikel begint met een titel, dan een korte samenvatting van het complete artikel (de abstract), dan een inleiding (waarom werd dit onderzoek uitgevoerd), et cetera. Tijdens het globale zoeken wordt meestal niet verder gelezen dan de titel, bij meer interesse worden de afbeeldingen geskimd, daarná pas de abstract en als dan de absolute relevantie vast gesteld is, wordt het hele artikel van binnen en van buiten gelezen. Maar lieve lezer, vergist u niet, een aantal pagina’s lezen kan zo een hele werkdag in beslag nemen. De hoeveelheid informatie per zin is ongekend en uiterste concentratie is nodig om elk cruciaal detail te extraheren.

Maar nu, als Kind Van Het Internet, ik denk dat dit beter/gemakkelijker/sneller kan.

De artikelen die nu digitaal beschikbaar zijn, zijn niet meer dan restanten van een papieren tijdperk. Ze worden opgemaakt alsof ze in een papieren tijdschrift gepubliceerd zullen worden, terwijl ze meestal digitaal gelezen worden. Heel raar eigenlijk. Het allermooiste op het Internet is de hyperlink. Maar waarom staan referenties er dan nog altijd netjes als superscript1 of als parenthese [2] tussen? Als ik op de Scheikundejongens iets interessant vind om naar te verwijzen, voeg ik zelf een link toe. Maar wetenschappers kunnen dat niet. Als ik een artikel lees, en er wordt een stelling gedaan, staat er een referentie naar. Onderaan de pagina, of aan het einde van het artikel, staat dan een volledige referentie waarmee ik in mijn favoriete zoekmachine overweg kan. Maar waarom moet ik dat allemaal zelf ‘met de hand’ doen? Waarom zijn hyperlinks geen optie?

Het Internet is er klaar voor, tekstverwerkers zijn er klaar voor, computers zijn er klaar voor, maar alleen uitgevers zijn te conservatief of te lui om mee te gaan met de prachtige verbeteringen die onze tijd ons schenken. Maar ach, een fatsoenlijke RSS feed of Open Science is ook nog steeds teveel gevraagd. Tot die tijd zal ik mijn kleine steentje bijdragen met de volgende tip:

% --- Packages --- %

\usepackage{hyperref}

% --- Settings --- %

\hypersetup{
colorlinks,
citecolor=black,
filecolor=black,
linkcolor=black,
urlcolor=black
}%zorgt voor onopvallende hyperrefs

  1. Voetnoten zijn een van de meest verschrikkelijke afleidingen die een schrijver kan gebruiken. Je kan jezelf niet meer in de voet schieten dan met het gebruik van dit soort belachelijke afleidingen. Als het belangrijk genoeg was wat je in je noot wil zetten, maak er dan een mooi verhaal van en zet het in de tekst.
  2. Of is het enkelvoud parenthesis?

Artikelbeheersystemen: Mendeley en Papers

Als je een verslag of een artikel schrijft, raak je dan ook altijd in de war met je referenties? Raak jij ook wel eens artikelen kwijt op je computer? Werk jij ook wel eens op verschillende computers aan een bepaald project? Is het antwoord op één of meer van deze vragen “ja”, kijk dan eens naar een artikelbeheersysteem.

De meest bekende programma’s om je referenties mee te beheren zijn Endnote en RefWorks. Dat werkt aardig, maar veel meer dan referenties beheren kun je er niet mee: de PDF-bestanden van de bijbehorende artikelen raak je nog steeds kwijt. Verder werken ze vooral goed samen met Word, maar niet met LaTeX/BibTeX. (Exporteren kan wel, maar importeren niet gemakkelijk.) En je moet maar het geluk hebben dat je school/universiteit/werkgever een licentie heeft, want ze zijn veel te duur om zelf aan te schaffen (Endnote: $109,95, Refworks: $100 per jaar).

Er bestaan gelukkig meer programma’s. Recentelijk werden wij getipt over twee hele mooie programma’s. De eerste is Mendeley (gratis, open source, en voor Window en Mac en Linux), de tweede Papers (€ 20 voor studenten, van Nederlandse bodem en alleen voor de Mac).

Beide programma’s hebben grote overeenkomsten met elkaar. Ze beheren allebei je collectie PDF-bestanden voor je, net zoals iTunes dat doet met je muziek: bestanden krijgen automatisch een zinnige naam, worden in de juiste map gestopt, etc. Ook laten ze je eenvoudig de juiste metadata (auteurs, tijdschrift, datum, etc) opzoeken op internet. Ook kennen beide een optionele iPad/iPhone applicatie (gratis bij Mendeley, € 12 bij Papers) die kan synchroniseren met je computer, zodat je ook onderweg artikelen kunt lezen. Beide programma’s kunnen ook overweg met BibTeX en laten je eenvoudig de citekeys kopiëren. Bekijk hieronder een filmpje over Papers. Mendeley werkt ongeveer gelijk, maar daarvan kon ik geen mooi filmpje vinden.

De programma’s zijn niet gelijk en hebben elk zo hun rare eigenschappen. Mendeley kan, voor elke collectie die je aanmaakt, een .bib-bestand exporteren en deze automatisch bijwerken maken wanneer je wijzigingen aanbrengt in de collectie. Het rare is wel dat de .bib-bestanden voor al die collecties in één map moeten staan en dat is tamelijk onhandig. Papers kan ook exporteren naar BibTeX, maar dit moet je wel handmatig doen. Daar staat tegenover dat je dan wel vrij bent om het .bib-bestand in willekeurige map te zetten.

Mendeley is beschikbaar als bètaversie voor Windows, Mac en Linux, terwijl Papers er alleen voor de Mac is en wél af is. Bij Mendeley is duidelijk te merken dat het geen ‘echte’ Mac-applicatie is. Zo gaat het lezen van PDF’jes vrij traag (je zit soms een tijdje naar een witte pagina te kijken voordat er iets gebeurt) en zien hun lettertypen er ietwat raar/onscherp uit. Papers is een stuk vlotter. Wanneer één auteur met verschillende namen (B Voorbeeld, B. Voorbeeld en Bij Voorbeeld) voorkomt in je collectie, is het bij Papers eenvoudig om deze samen te voegen, terwijl deze optie helemaal niet in Mendeley zit. Ook kun je vanuit Papers artikelen zoeken met Google Scholar, Scopus en Pubmed en direct de PDF’jes, met metadata en al, importeren. Daar staat tegenover dat Mendeley al je data synchroniseert met het internet, en je dus zonder problemen op meerdere computers kunt werken. Je krijg 500 MB online opslagruimte, wat tegen betaling uit te breiden is. Bij Papers staat dit alleen op de planning, maar vooralsnog kun je wel de Papers-database in Dropbox zetten voor een soort van synchronisatie. Ook kan Papers overweg met EZproxies, zodat je thuis artikelen kunt downloaden. Een groot pluspunt voor Mendeley is dan weer dat ‘ie erg goed is in het automatisch herkennen van metadata uit de tekst van de PDF, terwijl Papers dit niet kan.

Samenvattend, het beheren en doorzoeken van je artikelen is met Mendeley en Papers een stuk eenvoudiger geworden en het zijn beiden fantastische programma’s. Ik vind Papers net iets prettiger in gebruik, maar Mendeley heeft vele andere voordelen en is voor zijn prijs niet te verslaan. Wil je de programma’s proberen? Van Papers is een 30 dagen-probeerversie beschikbaar, en Mendeley is natuurlijk helemaal gratis.

Heb jij ervaring met een van deze programma’s, of tips voor andere soortgelijke programma’s? Laat het vooral weten!

Bedankt voor de tips, Jan-Hein en Laura

Grappige graphical abstracts

De hoeveelheid artikelen die gepubliceerd worden in wetenschappelijke tijdschriften zoals Nature, Science, of Physical Review Letters (dus niet de Quest) is enorm. Gebruiken we Google Scholar als maatstaaf, dan zien we dat er in 2009 zo’n 253.000 artikelen en boeken zijn gepubliceerd waar het woord “chemistry” in voorkomt.

Zijn we iets specifieker en zoeken we op “physical chemistry”, dan zijn het er nog steeds 61.700. Zelfs al zoek je op iets specifieks als “quantum dot”, dan vind je nog 8970 publicaties. Een artikel helemaal doorlezen, uitpluizen en goed begrijpen kost al snel een paar uur tot een dag, dus het mag duidelijk zijn dat we dit niet allemaal kunnen gaan lezen. Het is zelfs nog veel te veel nog maar de samenvatting van te lezen. Daar zou je een dagtaak aan hebben.

Hoe kun je dan beoordelen of een artikel het lezen waard is? De titel lezen is natuurlijk vaak een goed begin (al zijn ze soms behoorlijk cryptisch), en plaatjes kijken kan ook veel informatie opleveren. Maar voor dat laatste moet je het artikel natuurlijk al wel voor je hebben: al bladerend door de (al dan niet digitale) inhoudsopgave van een tijdschrift helpen de plaatjes ín het artikel niet om te beslissen of iets nuttig is.

Om dit probleem op te lossen, is een aantal tijdschriften op het idee gekomen om zogeheten graphical abstracts in te voeren: een samenvatting in de vorm van een plaatje. Dit plaatje kan bijvoorbeeld bij de titel in de inhoudsopgave worden getoond om snel te kunnen beoordelen of je een artikel wilt lezen. Eén van die tijdschriften is het Journal of Physical Chemistry B. Super goed idee.

Plaatjes zijn nuttig. Een goed plaatje, in elk geval. Niet bij elk artikel zit namelijk een even goed plaatje. Sommige plaatjes zijn van een belachelijk lage resolutie, passen overduidelijk niet bij het onderwerp of vertellen niets inhoudelijks. De blog TOC ROFL gaat precies daarover: lachwekkende plaatjes in de inhoudsopgaven van wetenschappelijke tijdschriften. Erg grappig. Voor in je RSS!

Hieronder twee van mijn favorieten.

Gnomen voeren een chemische reactie uit: "Theoretical and NMR Studies of Deuterium Isotopic Perturbation of Hydrogen Bonding in Symmetrical Dihydroxy Compounds."
Katten zijn soms ook blijkbaar biomoleculen: "Why size and speed matter: frequency dependence and the mechanical properties of biomolecules."