The Inner Life of a Cell

In december 2005 hebben een aantal biologiestudenten van de Harvard universiteit een artistic impression gemaakt over het leven van een cel. De cel is wat wij noemen, de kleinste eenheid van leven. Eerlijk is eerlijk, alleen de kleuren kloppen niet, maar verder vind ik niks artistieks aan de animatie. Levensecht.

Dit filmpje is wat valt onder de categorie ‘goud van oud’ en zeker de moeite om af en toe eens te bekijken. Als je in je biologieklas zit, vraag je docent eens alle processen die langskomen op te noemen. In de YouTube versie hieronder staan ze opgesomt, maar als je op deze link klikt, zie je een versie met meer resolutie en zonder de procesnamen. Hier staat de originele versie, verschillende resoluties, zonder muziek en met docerende mannenstem.

Alle biochemici en biofysici smullen van dit soort kunst.

Chemische tuin deel 1

Praktisch iedereen die scheikunde leuk vindt, houdt van kleurtjes en proefjes. Omdat er zoveel van onze bezoekers op zoek zijn naar kristallen, gaan we in deze tweedelige serie het hebben over kristallen. Dit is de gaafste soort doe-het-jezelf-kristallisatie die ik ken. De ‘chemische tuin’.

chemische_tuin

In deze serie van twee zullen we eerst vertellen hoe je zelf een chemische tuin kan maken. Later wat we weten en wat we vooral nog niet weten over de (fysische) chemie van een chemische tuin. We zullen hier vertellen hoe je aan de materialen komt en een (lange) opsomming maken van chemicaliën die je wel en beter niet kunt gebruiken.

Benodigdheden

  1. Aquarium
    Natuurlijk wil je je tuin ergens in kwijt. Je kunt een aquarium van een liter gebruiken, maar natuurlijk ook van 60 L. Let op dat als je een groot aquarium gebruikt, je ook veel waterglas nodig zal hebben om het op te vullen.
  2. Waterglas
    Waterglas is een oplossing van natriumsilicaat in water en dus een kleurloze en visceuze vloeistof. De stof is een sterke base, dus reageert heftig met zuren en is corrosief ten opzichte van o.a. aluminium en zink. Irriterend voor de ogen, de huid en ademhalingsorganen, dus draag een bril en let op je hygiëne.
  3. Gedestilleerd water (‘demiwater’)
    Dit kun je meestal wel kopen bij een doe-het-zelf-winkel. Dit is heel zuiver water, dus met minder zouten erin opgelost dan in kraanwater.
  4. (Zilver)zand (optioneel)
    Spoel het zand een aantal keren met water om eventuele verontreinigingen uit te wassen en laat het daarna een paar dagen drogen.

Chemicaliën

  • IJzer(III)chloride: FeCl3
    Bruingele hygroscopische kristallen of amorfe brokken. De oplossing in water is een matig sterk zuur en tast vele metalen aan onder vorming van waterstofgas. Veroorzaakt brandwonden! Luchtdichte verpakking toepassen. IJzer(III)chloride wordt o.a. gebruikt als etsmiddel voor printplaten. Veiligheidsbril.
  • Calciumchloride: CaCl2
    Witte sterk hygroscopische kristallen, tast vele metalen en andere bouwmaterialen aan. Kan huidirritatie veroorzaken. Schadelijk bij inslikken en inademen. De watervrije vorm (zonder kristalwater) is te koop als ‘vochtvreter’.
  • IJzer(II)sulfaat: FeSO4.7H2O
    Lichtgroene kristallen. De oplossing in water is een matig sterk zuur. Oxideert met zuurstof uit de lucht tot bruin ijzer(III)sulfaat.
  • Kobaltchloride: CoCl2.6H2O
    Donkerrode kristallen, werken irriterend op de ogen, huid en ademhalingsorganen. Blootstelling vermijden. Kan kanker veroorzaken bij inademing.
  • Koper(II)chloride: CuCl2
    Lichtgroene hygroscopische kristallen. De stof irriteert de ogen, de ademhalingswegen en de huid. Schadelijk bij opname door de mond.
  • Kopersulfaat: CuSO4.5H2O
    Helderblauwe kristallen of lichtblauw poeder. Schadelijk bij opname door de mond, irriterend voor ogen en huid. Watervrij kopersulfaat is wit gekleurd.
  • Nikkelnitraat: Ni(NO3)2.6H2O
    Blauwgroene kristallen, ontleden bij verhitting boven 200°C in o.a. stikstofoxiden en zuurstof wat brandbevorderend werkt. Schadelijk bij opname door de mond, mogelijk carcinogeen.

Uitvoering

Gebruik tijdens de uitvoering van dit experiment handschoenen en zet een (veiligheids)bril op. Voer dit experiment uit in het bijzijn van iemand die er verstand van heeft, zoals je docent scheikunde, omdat de chemicaliën die je gebruikt, vaak kankerverwekkend kunnen zijn.

Als je een zandlaag onderin je tuin wil, moet je dat eerst gewassen hebben. Klinkt raar, maar wel nodig. Let op dat er geen zand mag rondwervelen in de waterglas oplossing, dus wacht totdat alles is bezonken.

Verdun 250 ml waterglas met gedestilleerd water tot 750 mL, dus 1 deel waterglas op 2 delen water. Roer totdat de oplossing volkomen homogeen is. Het soortelijk gewicht na verdunnen is ongeveer 1.2 g/mL.

Als je alles klaar hebt staan, voeg je brokken zout toe. Het is belangrijk dat je geen poedervormig zout toevoegt, omdat dit geen fancy effecten geeft. Zoek dus mooie brokjes uit die tussen de 2-10 mm groot zijn.

Met dank voor de beschrijving van de chemicaliën en de afbeelding aan Experimenten Online!

Meer stof over marsmeteoriet

Laatst schreef ik over een artikel op NU.nl onnodig ongenuanceerd richting de wetenschappers over wie het artikel ging en niet ongenuanceerd genoeg over NU.nl.

Eerst wil ik opmerken dat ik niet weet of NU.nl het artikel met of zonder toestemming heeft overgenomen van Eddy Echternach. Hij schreef op allesoversterrenkunde.nl over het onderzoek dat leidde tot het artikel in het wetenschappelijke tijdschrift “Geochimica et Cosmochimica Acta” dat heet “Origins of magnetite nanocrystals in Martian meteorite ALH84001.” De nieuwsredacteur bij NU.nl verwijst slecht naar zijn bron en heeft zelfs slecht ge-copy-pasta’ed.

Ik heb commentaar gekregen over mijn opmerking: “De laatste keer dat ik iets over atomen hoorde, waren ze allemaal nog chemisch.” Wat ik hiermee bedoel is dat alles chemisch is en dat er niet een onderscheid is tussen natuurlijke atomen (of kristalstructuren) en chemische. De oorsprong kan natuurlijk zijn (al dan niet biologisch) of synthetisch (door mensen gemaakt in een lab, door de natuurwetten te gebruiken). Meer smaken zijn er niet.

Een elektronenmicroscopie-afbeelding die bij iedere berichtgeving getoont wordt. Is dit TEM of iets anders?
Een elektronenmicroscopie-afbeelding die bij iedere berichtgeving getoond wordt. Is dit TEM of iets anders?

Tot slot wil ik terugkomen op de afbeelding die bij elke berichtgeving wordt gegeven. In het originele artikel uit “Geochimica et Cosmochimica Acta” wordt er gesproken over TEM afbeeldingen. Mijn vraag aan iedereen die hierover schrijft: hebben jullie enig idee wat deze afbeelding voorstelt? Ik heb geen rechten om het originele artikel te downloaden (en betalen gaat me wat ver). Wat is dit? Waarom plaatst iedereen hetzelfde plaatje maar geeft niemand uitleg?

In de introductie (`abstract’) van het artikel staat niks over elektronenmicroscopie. Toch weten wetenschapsjournalisten me te vertellen dat er TEM tomografie werd gebruikt ter analyse. De samples worden dan gekanteld waardoor met geavanceerde computersoftware een drie-dimensionaal effect ontstaat. Op dit filmpje zie je een tomografie-opname (van mesoporous KIT-6, maar dat doet er nu niet toe) door middel van TEM.

In de afbeelding boven zie ik niet wat er aan de hand is. Het is geen TEM afbeelding denk ik, maar SEM. Ter vergelijking, twee typische voorbeelden van een TEM en een SEM afbeelding. Links een SEM afbeelding van een afgebroken stuk bainitic (een staalsoort). Rechts een TEM afbeelding van cluster van ijzeroxide nanodeeltjes. Zie je dat er bij SEM een drie-dimensionaal effect is en bij TEM (met de T van transmissie) niet? Wat is er nou afgebeeld?

Iron Oxide nanoparticle cluster

SEM afbeelding van wikipedia gehaald

Nano van de week

Het nieuwste nanogerucht, vers van de pers: het Nieuwe Influenza A (H1N1) virus (voormalig ‘De Mexicaanse Griep‘) wordt door veel overheden, waaronder zowel de Amerikaanse als de Nederlandse, gebruikt om het volk te temmen.

Er is niks gevaarlijks aan het virus, maar toch wil de overheid dat iedereen ingeënt wordt. Waarom? In het vaccin zitten nanobots.

Smoky the Nanobot

Hoe hype is deez?