Wat is er nodig voor leven?

Zo is er niets, zo is er iets.

Afgelopen weekend zijn de Scheikundejongens et al. naar science center NEMO geweest. We hebben ons kansloos vermaakt en we kunnen dan ook niet anders dan het iedereen aanraden. Het museum is eigenlijk voor kinderen, maar zelfs wij, doorgewinterde studenten scheikunde, hebben nieuwe dingen gezien. Natuurlijk zou ik daar honderuit over kunnen schrijven en foto’s kunnen includeren, maar dat interesseert jullie natuurlijk niet zo. Leuk dat Mark honderd meter uitpraat en Aldo meters bellen blaast, maar ik wil jullie graag wat vertellen over mijn echte hoogtepunt.

Echte, nieuwe, controversiële wetenschap. Hierover discussieert men al decennia en nog worden controle-experimenten uitgevoerd. Het begon met een publicatie in een van de beroemdste wetenschappelijke tijdschriften ooit en nu stond er een kleine opstelling, middenin NEMO. En te midden van de tumult heb ik er een paar minuten stil naar staan kijken.

Het Urey–Miller-experiment.

Om te bewijzen dat het leven op aarde niet door een almachtig wezen is geschapen, maar door/uit de natuur spontaan is ontstaan, zijn een aantal stappen nodig. Laten we achteraan beginnen. Je weet uit je biologielessen misschien nog wel, dat er een aantal eisen zijn voor ‘leven’. Metabolisme en voortplanting zijn daar twee van. En je weet misschien ook nog wel dat een ‘cel’ de kleinste eenheid van leven is. Per definitie. Een cel is een zakje, gemaakt van een dun membraan van vet, voornamelijk gevuld met water, zouten, RNA/DNA en eiwitten. Dit is het eerste dat je moet weten over het ontstaan van leven: vrijwel alles in een cel wordt geregeld met eiwitten en zouten.

Een enkel aminozuur heeft altijd dezelfde basis, waarbij ‘---R’ een variabele zijgroep is. Meerdere aminozuren kunnen (onder afsplitsing van water) een polyamide vormen (een lange keten).

Zouten zijn meestal niet zo ingewikkeld: atomen met een netto lading. Die zijn er altijd al geweest, daar is de wetenschap het over eens. Maar nu die eiwitten. Die zijn enorm ingewikkeld. Waar komen die vandaan? Nog een stapje dieper: eiwitten zijn (voornamelijk) lange ketens aminozuren. In de natuur — ik bedoel, in alle organismen op aarde — komen vooral 20 aminozuren voor. Als je moeder zegt dat je je vlees op moet eten, is dat omdat niet alle organismen alle aminozuren zelf kunnen maken. Die moeten ze dus uit andere organismen halen. Er zijn nog wel veel meer aminozuren te verzinnen dan deze 20 natuurlijke, maar die zijn niet belangrijk voor het leven (zoals wij dat kennen op aarde). Dit is de tweede stap voor het begrijpen van leven: natuurlijke eiwitten bestaan uit 20 verschillende natuurlijke aminozuren.

We weten al, dat als we specifieke fosfolipiden in water oplossen, ze kleine gesloten dubbellaag-systemen vormen: cellen. Als diezelfde vetzuren, met wat zouten en eiwitten in water oplossen, ontstaan er ook celletjes, met de eiwitten aan de binnenkant. Zo, dat experiment is klaar. Conclusie: de juiste componenten vormen spontaan cellen.

Als we iets over het ontstaan van leven willen zeggen, moeten we afschatten wanneer het eerste leven is ontstaan (de oudste fossielen gevonden zijn ~3,5 miljard jaar oud) en weten hoe de wereld er toen uit zag. Of zoals een chemicus zich zou afvragen: wat waren de reactieomstandigheden? Was er veel water? Was dat water zuur? Zaten daar zouten in opgelost? Was er veel bliksem in die tijd? Hoe warm was de aarde toen? Waren er fluctuaties in omstandigheden? En nog veel meer van dit soort specifieke vragen. Extreem lastig te beantwoorden; extreem lastig te verifiëren. Maar we kunnen wel een afschatting doen.

Nog niet zo lang geleden, dachten we dat de atmosfeer een paar miljard jaar geleden bestond uit o.a. water (H2O), methaan (CH4), koolstofdioxide (CO2), ammoniak (NH3) en waterstofgas (H2). En onweer. Over de precieze samenstelling van de atmosfeer is de afgelopen decennia genoeg gesteggeld in de wetenschap, maar de algemene tendens is: er waren gasvormige verbindingen met o.a. waterstof- (H2O en/of H2), koolstof- (CO2, CO, CH4, misschien wel alkanen) en stikstofatomen (NH3, N2). Klinkt redelijk, toch?

Het Urey--Miller experiment zoals beschreven in hun artikel. Licentie: Wikimedia CC

We hebben nu bijna het hele raamwerk voor een bewijs wel doorgelopen. De dingen die dus aangetoond moeten worden zijn 1) wat zijn de reactieomstandigheden; 2) kunnen onder die omstandigheden bouwstenen (aminozuren, vetzuren, enz.) voor leven ontstaan en 3) kunnen die bouwstenen leven vormen. Dat laatste is ondertussen wel bekend en aannemelijk. Dat eerste is verschrikkelijk lastig, maar wel grofweg af te schatten.

Het vormen van de bouwstenen is ook gedaan. In 1953 deden Stanley Miller en zijn begeleider Harold Urey aan de universiteit van Chicago (USA) een experiment waarbij ze de omstandigheden op aarde ~3,5 miljard jaar geleden na probeerden te bootsen: zij verwarmden water, methaan, ammonia en waterstofgas in een gesloten systeem, leidden dat door een buizensysteempje, lieten bliksem (stroomschokjes) door het gasmengsel en lieten dat weer neerslaan. Na een week namen ze een klein sample en analyseerden de “oersoep.” Wat ze vonden? Onder andere aminozuren, suikers, bouwstenen voor nucleïnezuren (DNA en RNA) en glycerine. Een her-analyse van hun bevindingen in 2008 toonde aan dat ze 22 verschillende aminozuren hebben geproduceerd. Ze hebben met een (vrij simpele scheikundige opstelling) de bouwstenen voor leven gemaakt!

Natuurlijk zijn er achteraf veel zaken op af te dingen. Nieuwe inzichten suggereren dat de reactieomstandigheden op aarde anders waren dan in het lab van Urey en Miller. En zo waren er nog wat haken en ogen. Maar daar dacht ik niet aan, toen ik vorig weekend in NEMO zat te kijken naar een reproductie van datzelfde experiment. Geen volledig bewijs, maar zeker wel een extreem sterke suggestie dat leven op aarde spontaan gevormd zou kúnnen zijn. Maar ook daar dacht ik niet aan. Ik dacht alleen aan het simpele experiment van Urey en Miller en aan hoe blij ze moeten zijn geweest, toen ze erachter kwamen wat voor ingewikkelde moleculen ze gemaakt hadden. Ik heb wel een kwartier naar deze zwenkende pot oersoep zitten staren.

Het originele artikel van Urey en Miller vind je hier. Een ander artikel hier.

Hoe wetenschap werkt: de ITER

Ik ben er van overtuigd dat alle soorten wetenschap begrijpelijk uitgelegd kunnen worden. Natuurlijk kan dit ten koste gaan van details omdat die de uitleg alleen maar moeilijker maken. De Scheikundejongens proberen begrijpelijk én netjes te blijven.

Hier een korte en krachtige uitleg over hoe de International Thermonuclear Experimental Reactor (ITER) werkt. Kosten noch inspiratie zijn gespaard gebleven om de lezer een inzicht te geven waar hij de rest van de met zon overgoten dag nog lang over kan napraten. Met geveinsde trots presenteren wij u: Een Wetenschapsmachine.

Afbeelding van The Onion, via Chemistry Blog

Update: oeps, waar ik ‘LHC’ schreef, bedoelde ik natuurlijk ‘ITER’. Aangepast. Dank voor de tip, Niek.

Het ranken van een wetenschapper

Al eerder heb ik verteld hoe wetenschap werkt: iemand verzint een experiment, voert dat uit en schrijft de resultaten op in een artikel. Het wordt gekeurd en gewogen, en als niet te licht bevonden bevonden wordt, wordt het artikel gepubliceerd in een tijdschrift. Dat artikel wordt door anderen gelezen en er wordt naar gerefereerd als het interessant is, zodat anderen de feiten kunnen controleren. Dit is de meest gangbare manier waarop kennis stroomt.

Nu is er zoiets als goeie en slechte wetenschap. De experimenten kunnen ongeschikt zijn om een hypothese te ontkrachten, resultaten kunnen onbruikbaar zijn of de conclusies die getrokken worden fout. Het is niet eenvoudig om slechte wetenschap van matige te onderscheiden; en matige van goede wetenschap.

Prof. Jorge E. Hirsch

Maar wanneer is iemand een goede wetenschapper? Ik vind dat als iemand, in z’n eentje, één enorme ontdekking in zijn leven doet (hèt geneesmiddel tegen het AIDS-virus), dat hij een fantastische wetenschapper is. Hij heeft de mensheid geholpen door zijn intelligentie te gebruiken om het leven van anderen te vergemakkelijken en hij was zo goed om zijn kennis te delen. Hij schreef een artikel over zijn onderzoek, publiceerde dat in een tijdschrift en andere wetenschappers verwijzen nog vaak naar zijn enige, doch fantastische werk.

Een tweede wetenschapper doet al decennia onderzoek naar het de verbetering van dataopslag. Hij werkt samen met veel andere onderzoekers en geleidelijk aan doen ze veel ontdekkingen. Elke ontdekking wordt netjes opgeschreven en gepubliceerd. Het onderzoeksgebied waar onze dataopslag-onderzoeker in werkt is eigenlijk maar klein: er werken niet veel mensen in dit gebied, laat staan dat er veel over geschreven wordt. Vorderingen zijn klein maar belangrijk.

Hoe goed zijn onze twee wetenschappers? De een heeft weinig (eenmaal) gepubliceerd, maar wordt veel geciteerd; de ander publiceert veel, maar wordt weinig geciteerd. Er zijn veel maten om wetenschappers mee te meten, maar productiviteit (het aantal publicaties van een wetenschapper) en impact (aantal citaties naar die wetenschapper) worden tegenwoordig het belangrijkst gevonden. Hoe goed hij is als docent, hoe netjes hij is in een lab of hoe goed hij om kan gaan met andere wetenschappers wordt buiten beschouwing gelaten.

De Amerikaanse wetenschapper Jorge E. Hirsch bedacht in 2005 een index om wetenschappers te ranken. Hij is wat ingewikkeld, dus houd je vast:

Een wetenschapper heeft een index als h van zijn/haar Na artikelen ten minste h maal geciteerd worden, en de andere (Nah) artikelen minder dan h maal geciteerd worden.

In andere woorden, een wetenschapper met een Hirsch index van h, heeft blijkbaar h artikelen gepubliceerd die ten minste h keer zijn geciteerd. Hij kan dus best meer dan h artikelen gepubliceerd hebben, maar die zijn niet vaak genoeg geciteerd om mee te tellen.

Onze dataopslag-wetenschapper heeft een aantal keer gepubliceerd. Toen hij nog jong en onbezonnen was, heeft hij aan drie artikelen meegewerkt: de eerste is éénmaal geciteerd, de tweede twee keer en de derde vijf keer. Hij had toen een Hirsch index van twee. Tegenwoordig heeft hij een lange lijst met publicaties op zijn naam en een respectabele Hirsch index van dertig. Onze AIDS-wetenschapper heeft maar eenmaal gepubliceerd en dus een Hirsch index van één.

De moraal is duidelijk. Er is een duidelijke manier om wetenschappers te ranken. Je ziet ook direct waar dat fout gaat. Er zijn ook uitbreidingen op de manier van Jorge Hirsch, maar ook hele andere methodes. Allemaal rammelen ze een beetje en allemaal vergeten ze belangrijke zaken. Maar goed, getallen aan fenomenen plakken is altijd lastig en je kan er altijd over discussiëren. Wetenschap.

Symfonie der Wetenschap

Het is weer tijd voor een lijstje video’s. Eigenlijk vind ik het te verschrikkelijk voor woorden, maar goed. Wij presenteren u de Symfonie der Wetenschap.

John Boswell is de grote componist achter dit project. Het idee is om wetenschappelijke kennis op een nieuwe manier over te brengen. Daar houd ik wel van. Dit gaat met muziek. De laatste keren dat ik dit een goed idee vond was met de Nanosong, The Safety Song en They Might Be Giants. Owja, en natuurlijk (de Nederlandse vertaling van) Het Elementenlied. Zo, genoeg zelfbevlekking, tijd voor de eerste aflevering:

De eerste aflevering van de serie gemuziekte video’s stamt uit eind 2009. Alle afleveringen zijn oude interviews en onderdelen van documentaires. Het geluid is zo aangepast, dat het geheel melodieus wordt. Of dit goed gelukt is, zal ik in het midden laten.

Het hele idee achter de video’s is om kinderen (!) een beter beeld te geven waar wetenschap — en filosofie, maar ik vind dat dat eigenlijk wel bij ‘wetenschap’ hoort — om draait. Op de eerste video is een boel feedback gekomen waardoor de volgende video’s verbeterd konden worden. De componist zegt dat hij hier erg blij mee was omdat hij nog steeds graag lesmateriaal wilde maken en niet alleen hippe muziek.

Alle liederen zijn op de site te downloaden als onder andere mp3. Alle video’s zijn in het Engels, maar wel allemaal voorzien van (Engelse) ondertiteling. Toch zou ik het zeker willen aanraden als lesmateriaal. Misschien iets voor op een middelbare school met tweetalig onderwijs? Wat vinden jullie ervan?

Via Geekologie, Wired en The Scientist

Science Café Zeist

Science Cafés zijn een wereldwijd initiatief om mensen in contact te brengen met wetenschap. Het is een ontmoetingsplek voor iedereen die geïnteresseerd is in wetenschap. Er worden (meestal maandelijks) lezingen gehouden door wetenschappers waarna er gelegenheid is voor vragen en discussie.

In andere steden en landen bestonden al enige tijd Science Cafés, maar sinds kort hebben we er ook dus ook eentje in Zeist. Het Science Café Zeist wordt gehouden in het Natuurcafé op station Driebergen-Zeist en het is elke tweede donderdag van de maand geopend. De eerstvolgende bijeenkomst is morgen en gaat over nanotechnologie. De Scheikundejongens zijn erg benieuwd en gaan zeker een kijkje nemen. Als je ons de hand weet te schudden én ons kunt uitleggen wat soxhletten is, krijg je een spetterende, niet gedestilleerde prijs.

Flyer