Categorie: Doe het jezelf

Dance your PhD 2011

Het leven van een promovendus bestaat voornamelijk uit hard werken en niet opgeven. Labwerk, verslagen schrijven, onderwijs geven, artikelen publiceren, posters maken en werkbesprekingen. Maar heel af en toe is er ook tijd voor ouderwets klooien. Maar al die promovendi hebben een slag van de molen gehad, dus ook aan ontspanning moet een wetenschappelijk tintje zitten. Een voorbeeld van zo’n rare ontspanning is “Dance your PhD”, een wedstrijd waarin promovendi worden opgeroepen om hun promotieonderzoek uit te beelden in dans. Een tweede regel is dat de promovendus in kwestie zelf ook meedoet in de dans.

Afgelopen vrijdag is de winnaar bekend gemaakt. Dit jaar waren er 55 inzendingen, waaruit er vorige week 16 finalisten zijn gekozen. Zonder verder oponthoud, presenteren wij jullie de winnaar: “Microstructure-Property relationships in Ti2448 components produced by Selective Laser Melting: A Love Story.”

Een goed verhaal over hoe titaan botten kan versterken. Joel Miller is biomedisch ingenieur aan de Universiteit van Western Australia in Perth. Hij won de $1000 en een reisje naar België, alwaar hij op 22 november op TEDxBrussel zijn prijs in ontvangst mag nemen. Ik vind het supergaaf. Kan niet wachten tot ik mijn eigen promotieonderzoek kan Dubsteppen.

Andere prijzen ($500 elk) gingen naar biologie, chemie en sociale wetenschappen. Graag deel ik ook nog even deze bizarre video van FoSheng Hsu, van de Universiteit van Cornell, VS, de winnaar uit de chemie-categorie. Een elegante rondleiding langs de verschillende stappen van de röntgenkristallografie van eiwitten.

Ben je zelf promovendus/promovenda/aio/PhD student en wil je ook meedoen aan Dance Your PhD? Niet gevreesd, volgend jaar is er wéér een Dance Your PhD. Houd daarvoor ScienceNOW in de gaten op Facebook en Twitter.

En dat was Night of the Nerds 2011

Het is alweer een volle week geleden sinds Night of the Nerds 2011. We waren zo fortuinlijk dat we viermaal twee vrijkaartjes weg mochten geven en we werden ook nog eens uitgenodigd om live te bloggen en foto’s te maken. Ook dit jaar was NotN in Science Center NEMO dus er was afleiding genoeg. De organisatie heeft net als vorig jaar zich weer uitgesloofd en het programma was weer overvol. Door de hoeveelheid parallelle sessies was er op ieder moment voor iedereen wel wat te doen.

Voor mij was het hoogtepunt weer de lezing van Cook & Chemist, dit keer over geur. Met drie ventilatoren op het publiek gericht gaf chemicus Jan Groenewold ons inzicht in hoe geur werkt. Kok Eke Mariën voegde de daad bij het woord en zorgde dat de ventilatoren wat te doen hadden. Een goed verhaal over het onderbewuste en gevoel. Terwijl we aan een wortel knabbelen vertelden mensen uit de zaal dat ze pesto, badzout en gras ruiken. Het zou potgrond en basilicum moeten zijn. Daar bovenop nog wat hooi. Het kan niet op. Leuke feitje: 3% van ons DNA wordt gebruikt om ons reukorgaan te bouwen. Zo ingewikkeld is geur dus.

Het gereedschap van Cook & Chemist: ventilatoren, verwarmingsplaatjes en geur. © Mark Vis

“De Phenom desktop SEM elektronen microscoop is een staaltje van de allernieuwste techniek.” Er was een heuse scanning elektronenmicroscoop mét touch-screen aanwezig. Bezoekers konden zo zelf de (peperdure!) elektronenmicroscoop bedienen en tot wel 45.000 keer inzoomen. Dat betekent dat een draadje stof van een tiende millimeter, op het scherm opeens 4,5 cm is. Zoals je hieronder kunt zien, is dat enorm indrukwekkend.

Een SEM-afbeelding van een stukje kleding. © Mark Vis

Een lange avond, enorm veel indrukken en veel lachende mensen. Zo was Night of the Nerd 2011. Wat de organisatie ervan vond? Ondanks dit enorme succes blijven ze kritisch en er wordt nu al hard nagedacht aan een nóg betere locatie dan Science Center NEMO. Waar NotN 2012 zich dan ook mag afspelen, de Scheikundejongens zullen er weer bij zijn. Tot dan.

De beloofde sterrenregen bleef uit, maar NEMO lag er wel verdomd mooi bij op de NotN2011. © Mark Vis

 

Night of the Nerds 2011

YES! Het is weer zover. Na het onwaarschijnlijke succes van vorig jaar wordt ook dit jaar weer een Night of the Nerds georganiseerd. En zoals beloofd, zullen ook wij er weer bij zijn. Vorig jaar maakte Bright een video-impressie:

Ook deze keer bestaat het programma uit drie delen: er zijn clinics waarbij je zelf actief aan de slag kan, nerdtalks waarbij specialisten een praatje geven over hun passie en bij de experiences van vorig jaar kon je een hapje insecten eten en op een theremin spelen.

Wat? The Night of the Nerds (website)
Prijs? €5 of €7,50 (reserveren)
Wanneer? Zaterdag 8 oktober 2011
Tijd? Deuren open om 18.30h, programma begint om 19.30h
Waar? Science Center NEMO Amsterdam (kaart)
Twitter? @nightofthenerds #NotN @SJs_nl

Bij de praktische clinics kun je dit jaar onder andere je eigen smartphone app maken, koken met chemie en spelen met augmented reality. De experiences laten je kennismaken met de Shell Eco-Marathon Simulator en games aangestuurd door je eigen hersenen.

De nerdtalk waar wij persoonlijk érg naar uitkijken is die over nanotechnologie. We weten al dat de NOS geen idee heeft wat nanotechnologie inhoudt, dus onze verwachtingen zijn hoog. Skeptisch kijken deze nerds uit naar “de experts met demonstraties.” Andere nerdtalks gaan over de mens als gadget en de chemie van het ruiken.

Maar voor wie is de NotN nou? Vooral VWO’ers met een bètaprofiel en hbo/wo-studenten met technische of bèta-studie. Vorig jaar was ruim 1/3 deel vrouw en dat misstond niet. Ik hoop dat het dit jaar net weer zo’n Feest der Wetenschappen wordt als vorig jaar. Zorg dus dat je erbij bent.

SciMobileApps: een wiki voor wetenschappelijke apps

Kijk, weer zo’n vernuftig ideetje, vers van het Internet: SciMobileApps.

Op deze verdwaalde vrijdagochtend een tip voor iedereen met een smartphone en sympathie voor Wikipedia. Ik denk dat iedereen ondertussen wel weet wat mijn meningen zijn over de Nederlandse en de Engelse Wikipedia. Maar het concept van een wiki — iedereen is vrij om naar eigen inzicht wat toe te voegen — vind ik nog steeds extreem interessant. Hoewel Chempedia ondertussen de geest heeft gegeven (snap ik), is ChemWiki doorgegaan met uitbreiden.

Maar er is natuurlijk meer dan alleen het Internet. Sterker nog, er schijnt een verschuiving plaats te vinden van de browser naar apps (van het Engelse application, wat ‘programma’ betekent). Toen de iPad aangekondigd werd en later ook daadwerkelijk uitkwam hebben we al eens een aantal suggesties gegeven van wat nou interessante ‘science apps’ zijn. Eerlijk gezegd ben ik sinds die tijd niet heel veel nieuws tegengekomen. Wel desktopprogramma’s die geschikt gemaakt zijn voor Apple’s mobiele besturingssysteem iOS (zoals Papers of Mendeley).

Maar er is goed nieuws. SciMobileApps is een website zoals Wikipedia: iedereen kan bijdragen aan de ultieme verzameling wetenschappelijke-gerelateerde apps voor smartphones. De wiki bestaat nog maar sinds begin deze maand, dus tot nu toe stelt het nog niet zo heel veel voor. Nu is het vooral een lijst met alle apps, gesorteerd naar categorie (zoals scheikunde, natuurkunde, tijdschriften en referentie management). In de loop van de tijd zullen mensen meer apps toevoegen, hun mening erover geven en apps aan- of afraden. Vooral dat laatste is erg interessant, omdat er nu eigenlijk geen goeie manier is om op voorhand uit te vinden wat de kwaliteit is van een app.

Toegegeven, de opmaak van de site is eenvoudig (tot op het saaie af) en er is duidelijk een schrijnend tekort aan aantrekkelijke afbeeldingen — ik stel me zo voor dat er van elke app zeker een paar screenshots of filmpjes bijgevoegd kunnen worden — maar ik ben erg enthousiast over dit initiatief. Ik heb wel eens websites gezien die proberen een soortgelijk overzicht te maken, maar als dat overzicht van de bijdrage van maar één iemand afhangt, is dat praktisch gedoemd om na verloop van tijd te verwateren en achterhaald te geraken. Op deze manier is in ieder geval dat probleem verholpen.

Wat vinden jullie, dragen we allemaal eventjes een paginaatje bij? Kijk eventjes rond op www.SciMobileApps.com.

Via Sciencebase

Extractie van aardbeien-DNA

Al maanden heb ik het idee om hierover te schrijven, maar nu is dan écht het aardbeien seizoen fatsoenlijk bezig. Vandaag een eenvoudige manier om met DNA te spelen.

DNA vind ik maar merkwaardig spul: vier soorten basisblokjes, in een schijnbaar willekeurige volgorde. Sommige mensen geloven dat alle genetische informatie in DNA gecodeerd zit. Tegenwoordig zijn er een aantal sterke vermoedens dat er meer moleculen invloed hebben op de genetische code, zoals histonen. In één cel wel twee meter lang (als je al het DNA in die cel achter elkaar zou leggen). Zo’n DNA-streng is dan wel maar een miljoenste van een millimeter breed. Zou het nou niet leuk zijn, om wat zuiver DNA te kunnen zien? Met het blote oog?

Vandaag de extractie van DNA uit een aardbei. Waarom een aardbei? Mensen hebben twee kopieën van hun DNA in elke cel. Aardbeien daarentegen hebben er acht. Mensen zijn ‘diploïd’, aardbeien ‘octaploïd.’ Maar goed, genoeg theorie, tijd om vieze handen te krijgen.

Een ingekleurde SEM-afbeelding van een aardbei. © Creative Commons: Annie Cavanagh, Wellcome Image.

Benodigdheden

  • Maatbeker
  • Maatlepels
  • Ethanol (bijvoorbeeld ontsmettingsalcohol, schoonmaakalcohol of spiritus)
  • 1/2 theelepel zout
  • 1/3 kop water
  • 1 theelepel detergent (afwasmiddel of échte zeep)
  • Glas of kleine schaal
  • Theedoek of koffiefilter
  • Trechter
  • Hoog drinkglas
  • 3 aardbeien, zonder kroontje
  • Hersluitbare plastic broodzakjes
  • Reageerbuis of klein glazen potje (bijv. kruidenpotje)
  • Lange satéprikkers

Uitvoering

  1. Koel de alcohol in de diepvries. Die ga je later nodig hebben.
  2. Meng het zout, water en de detergent (afwasmiddel) in een glas of kleine kom. Dit is de ‘extractievloeistof.’
  3. Span de theedoek of het koffiefilter in de trechter en zet de tuit van de trechter in het glas.
  4. Doe de aardbeien in de plastic zakjes en druk de lucht eruit. Zorg ervoor dat er geen lucht meer bij kan komen door ze af te sluiten.
  5. Druk met je vingers de aardbeien stuk tot een papje (twee minuten). Zorg ervoor dat je het zakje niet kapot maakt.
  6. Voeg drie theelepels van de extractievloeistof die je in stap twee maakte, bij de aardbeien in het zakje. Druk alle extra lucht er weer uit en hersluit het zakje. De detergent zorgt ervoor dat de cellen van de aardbeien open gaan en het DNA eruit kan komen. Het zout zorgt ervoor dat het DNA aan elkaar gaat plakken. DNA is een klein beetje negatief geladen, maar daar merk je verder niks van.
  7. Druk weer voor ongeveer een minuut in het aardbeienpapje, zodat alles goed is gemengd.
  8. Schenk het aardbeienmengsel vanuit het zakje, in de trechter (dus in het koffiefilter of in de theedoek). Laat het vocht in het glas druipen zodat er geen vocht meer achter blijft in de trechter.
  9. De theedoek en het het aardbeienprutje heb je niet meer nodig, dus die kun je weg doen. Doe de inhoud van het glas met aardbeienvocht in de reageerbuis (of kleine glazen potje), zodat het ongeveer voor een kwart vol is.
  10. Houd de reageerbuis (of kruidenpotje) schuin en schenk heel langzaam de ijskoude alcohol langs de kant. Als je dit voorzichtig genoeg doet, blijft het bovenop het aardbeienvocht liggen, omdat alcohol een kleinere dichtheid heeft dan water. Het is belangrijk dat de alcohol niet met het aardbeienvocht mengt, omdat het DNA zich tussen de twee vloeistoflagen zal verzamelen. DNA lost niet op in alcohol. Als de alcohol wordt toegevoegd, precipiteert het DNA uit en blijft de rest van het mengsel in oplossing in het water.
  11. Doop een lang satéstokje in de reageerbuis, met de punt tussen de alcohollaag en het aardbijenwater in. Haal het satéstokje weer omhoog. Het witte (heldere) spul dat je nu omhoog trekt is het aardbeien-DNA. Tadaa!

Als je geen zin hebt in al dat geklooi met dingen, of heb je je aardbeien allemaal al opgegeten voordat je aan je experiment kon beginnen, dan kun je ook op de website van de Universiteit van Utah een DNA extractie doen: DNA Extraction Virtual Lab.

Met dank aan dr. Erika Eiser voor de tip, originele recept hier.